Figlio unico del cantante catalano Joan Daniel Ferrer e di un'attrice argentina, è entrato in contatto con i grandi nomi dello spettacolo brasiliano già in tenera età. Nel cinema si è fatto notare come attore all'inizio della sua carriera, in due dei più popolari film brasiliani degli anni '60 (Os Cafajestes e Boca de Ouro). Nel 1969 ha diretto il primo di una dozzina di lungometraggi.
Ha lavorato per anni presso Rede Globo come regista di telenovelas, dirigendo tra le altre Pecado Capital (1976), Dancin' Days (1979), O Astro (2011), nella quale ha anche dato volto a uno dei personaggi più importanti. Daniel Filho è stato inoltre ideatore e regista principale della serie tv Malù donna e ha fatto parte del cast della telenovela Senza scrupoli, altro grande successo di TV Globo.
Divorziato quattro volte, è attualmente sposato con la cantante Olivia Byington. Ha due figli: una femmina, l'attrice Carla Daniel, nata dal primo matrimonio; e un maschio, frutto delle sue seconde nozze, con Betty Faria.