EMBiology
EmBiology, precedentemente chiamato EMBiology, è uno software as a service basato sul web e di proprietà della Elsevier in cui i ricercatori possono visualizzare le relazioni biologiche tra entità, come geni, proteine e cellule.
Lanciato nel 2023, interroga un grafo della conoscenza biologica con 1,4 milioni di entità collegate da 15,7 milioni di relazioni.[1] Utilizza un diagramma di Sankey per visualizzare i risultati della ricerca e visualizza "frammenti" di testo estratti dalla letteratura scientifica di pertinenza.
Versione precedente
EmBiology è stato lanciato nel 2005 col nome di come EMBiology ed era una base di dati bibliografica sulle scienze della vita, organizzata in collaborazione con Ovid Technologies come versione ridotta della banca dati Embase.
Contenuto
Le fonti dei dati di EmBiology includono:
- 7,2 milioni di abstract di PubMed
- 430.000 record di Clinicaltrials.gov
- 7,2 milioni di articoli in modalità testo esteso da 936 riviste Elsevier e 939 di altri editori.
Concetti
EmBiology include i seguenti concetti-entità:
| Concetto | Descrizione |
|---|---|
| Farmaci e prodotti chimici | Metaboliti naturali, piccole molecole presenti nelle cellule, farmaci (incluse piccole molecole e prodotti biologici) |
| Malattie | Condizioni di salute e termini di malattia |
| Proteine | Rappresenta sia i geni che i prodotti genici, comprese proteine e miRNA |
| Classi funzionali | Classi di proteine basate sulla funzione biologica |
| Complessi proteici | Uno o più polipeptidi che formano un complesso tramite interazioni fisiche |
| Variante genetica | Varianti ricercabili tramite SNPID e testo |
| Cellule | Tipi di cellule e linee cellulari di mammiferi |
| Processo cellulare | Processi biologici (ad esempio apoptosi, infiammazione) |
| Organi | Tipi di organi dei mammiferi |
| Tessuti | Tipi di tessuto dei mammiferi |
| Virus | Un agente che causa malattie infettive |
| Parametro clinico | Parametri misurati del corpo umano utilizzati nella pratica clinica |
| Trattamento | Trattamenti non chimici e condizioni ambientali |
| Oggetto cellulare | Organelli, componenti strutturali cellulari |
Relazioni di tipo biologico
EmBiologuy include le seguenti relazioni di tipo biologico tra le sue entità-concetti:
| Relazione | Descrizione | Esempio |
|---|---|---|
| Espressione | Cambia l'abbondanza proteica influenzando i livelli di trascrizione o la stabilità proteica | MDM2 ha una relazione di "espressione" negativa con TP53 |
| Effetto miRNA | Effetto inibitorio di un miRNA sul suo bersaglio mRNA | miR-30 ha una relazione negativa di "effetto miRNA" con TP53 |
| Legame promotore | Si lega al promotore di un gene | FOXC1 ha una relazione positiva di "PromoterBinding" con MMP7 |
| Regolamento | Cambia l'attività attraverso un meccanismo sconosciuto (può essere diretto o indiretto) | SOCS3 ha una relazione positiva di "regolazione" con il diabete mellito |
| Regolamentazione diretta | Influisce sull'attività attraverso l'interazione fisica diretta | BRCA1 ha una relazione di "Regolamentazione Diretta" con BARD1 |
| Legame | Interazione fisica diretta tra due molecole | FANCD2 ha una relazione "vincolante" con BRCA1 |
| Modifica delle proteine | Modifica la modifica della molecola bersaglio, solitamente mediante interazione diretta | SRC ha una relazione "ProtModification" con GRB2 |
| Biomarcatore | Identificazione di proteine/complessi/classi funzionali/metaboliti che sono biomarcatori prognostici o diagnostici per una malattia | Il cancro ai polmoni ha una relazione "biomarcatore" con IL6 |
| Cambiamento genetico | Cambiamenti genetici come delezioni geniche, amplificazioni, mutazioni o cambiamenti epigenetici | Il cancro ai polmoni ha una relazione di "cambiamento genetico" con ALK |
| Cambiamento quantitativo | Cambiamenti nell'abbondanza/attività/espressione di un gene/proteina/piccola molecola in uno stato patologico | Il cancro al seno ha una relazione positiva "QuantitativeChange" con AGK |
| Cambiamento di stato | Cambiamenti nello stato di modificazione post-traduzionale di una proteina o eventi di splicing alternativi | Il cancro al seno ha una relazione di "cambiamento di stato" con il recettore degli estrogeni |
| Associazione funzionale | Tra una malattia e un processo cellulare o un'altra malattia | La pancreatite cronica ha una relazione di "associazione funzionale" con il cancro al pancreas |
| Reazione chimica | Sia chimica catalizzata da enzimi che spontanea | CYP3A ha una relazione di "reazione chimica" con ticagrelor |
| Sintesi molecolare | Modifica la concentrazione del bersaglio | CYP3A ha una relazione di "MolSynthesis" con il midazolam |
| Trasporto molecolare | Modifica la localizzazione del bersaglio | Il tamoxifene ha una relazione positiva "MolTransport" con MAPK3 |
| Prova clinica | Studi clinici condotti su un farmaco contro una malattia (da CT.gov) | Il tamoxifene ha una relazione positiva "studio clinico" con il cancro al seno |
| Espressione cellulare | Espressione di proteine all'interno o sulla superficie di una cellula | L'epatocita ha una relazione di "espressione cellulare" con l'EGFR |
Note
- ↑ (EN) Elsevier launches EmBiology to deliver the unparalleled insights into biological activities that accelerate drug discovery, su elsevier.com. URL consultato il 18 settembre 2023.
- ↑ (EN) Ovid and Elsevier announce exclusive partnership..., su ovid.com, Ovid Technologies, Inc., 2005. URL consultato il 30 gennaio 2011.
- ↑ (EN) Biological data structured for insights - EmBiology - Elsevier, su beta.elsevier.com. URL consultato il 18 settembre 2023.
- ↑ (EN) What biological concepts are included in EmBiology? – EmBiology Support Center, su service.elsevier.com. URL consultato il 18 settembre 2023.
- ↑ (EN) What biological relationships are extracted in EmBiology? – EmBiology Support Center, su service.elsevier.com. URL consultato il 18 settembre 2023.
