Fu direttore della rivista «Athenaeum». Dopo la morte di Franco Venturi, nel 1995 venne nominato suo successore alla guida della Rivista storica italiana, che diresse fino al 2005, mantenendone inalterato il taglio cosmopolitico-illuministico venturiano. Parte della sua biblioteca personale fu donata alla biblioteca del Collegio Borromeo.
Opere principali
Appiano e la storia delle guerre civili, Firenze, La Nuova Italia, 1956.
Appiani bellorum civilium liber primus, introduzione, traduzione e commento di E. Gabba, Firenze, La Nuova Italia, 1958.
Iscrizioni greche e latine per lo studio della Bibbia, Torino, Marietti, 1958.
Appianus. Bellorum Civilium liber quintus, Firenze, La Nuova Italia, 1970.
Esercito e società nella tarda repubblica romana, Firenze, La Nuova Italia, 1973 (trad. inglese, Oxford, 1976).
Per la storia dell'esercito romano in età imperiale, Bologna, Patron, 1974.
Le rivolte militari dal IV secolo a. C. ad Augusto, Firenze, Sansoni, 1975.
Strutture agrarie e allevamento transumante nell'Italia romana (con M. Pasquinucci), Pisa, Giardini, 1979.
Le basi documentarie della storia antica (con M. Crawford), Bologna, il Mulino, 1984.
Del buon uso della ricchezza: saggi di storia economica e sociale del mondo antico, Milano, Guerini e associati, 1988.
Dyonisius and The History of Archaic Rome, Berkeley, University of California Press, 1991 (trad. italiana, Bari, 1996).
Storia di Roma. Vol.2. L'impero mediterraneo (a cura di G. Clemente, F. Coarelli, E. Gabba), Torino, Einaudi, 1991.
A.A. V.V., Studi di storia e storiografia antiche: per Emilio Gabba, New Press, 1988
E. Gabba, Cultura classica e storiografia moderna, il Mulino 1995
F. De Nicola, Le lettere di Arnaldo Momigliano a Emilio Gabba. Ricostruzione di un rapporto culturale, New Press 1998
A. Baroni, Emilio Gabba: bibliografia 1949-1995, New Press, 1998
D. Musti, Gabba, Emilio, in Enciclopedia Italiana. VI Appendice, Roma, Istituto dell'Enciclopedia Italiana, 2000.
D. Zoroddu, Emilio Gabba: bibliografia 1995-2006, New Press, 2008
Emilio Gabba fra storia e storiografia del mondo antico, a cura di Paolo Desideri e Maria Antonietta Giua, Napoli, Edizioni scientifiche italiane «Quaderni della Rivista Storica Italiana», 2011.
G. Bowersock, Emilio Gabba from an Anglo-American Perspective, in «Rivista storica italiana», 127 (2015), pp. 97-106.
A. Viarengo, Emilio Gabba direttore della «Rivista storica italiana», in «Rivista storica italiana», 127 (2015), pp. 107-123.
G. Arrighetti, Emilio Gabba a Pisa, in «Studi Classici e Orientali», 60 (2014, ma 2015), pp. 5-7.
I percorsi di un historikos. In memoria di Emilio Gabba, Atti del Convegno di Pavia (18-20 settembre 2014), a cura di Chiara Carsana e Lucio Troiani, Como, New Press 2016 [Biblioteca di Athenaeum, 58]
Emilio Gabba un maestro della storia antica (Roma, 11-12 febbraio 2015), Roma, Accademia Nazionale dei Lincei, 2016 [Atti dei Convegni Lincei, 307].
Humanus, doctus, dilectus. L'Istituto Lombardo per Emilio Gabba, a cura di D. Mantovani e A. Robbiati Bianchi, Milano, Istituto Lombardo - Accademia Di Scienze E Lettere - Incontri Di Studio, 2018.