L'eteroduplex (a volte detto eteroduplice) è una molecola (o un tratto di molecola) di acido nucleico a doppio filamento, formata da due filamenti con sequenze non esattamente complementari. Il termine è usato in genetica e in biologia molecolare. Un esempio di eteroduplex è quello che si crea al termine della trasformazione batterica nella quale il filamento esogeno si inserisce nel cromosoma batterico della cellula accettrice che ne crea il complementare.
