Sebbene i contemporanei e diverse fonti postume gli abbiano riconosciuto meriti e celebrità per le sue attività erudite, studi successivi hanno dimostrato come alcune delle fonti da lui riportate fossero in realtà dei falsi.
Tra le accuse di cui è stato oggetto, di particolare rilievo è quella di avere pubblicato false fonti epigrafiche e fonti primariemedievali completamente apocrife, sapientemente mescolate a quelle autentiche. Pratilli è stato del pari accusato di aver plagiato i cronisti medievali o di aver inventato di sana pianta degli avvenimenti, sostenendo di averli appresi da fonti che sarebbero andate disperse dopo che lui ne aveva preso visione.
Chronicon Cavense
Un esempio di documento apocrifo è il cosiddetto Chronicon Cavense, o Annalista Salernitanus, (da non confondere con gli autentici Annales Cavenses). Pratilli lo aggiunse al IV volume della nuova edizione che egli volle dare all'opera Historia principum Langobardorum (Napoli, 1643), mescolandolo in questa raccolta di cronache genuine dell'Italia meridionale realizzata nel Seicento da Camillo Pellegrino. Il Chronicon Cavense, a lungo considerato autentico e degno di nota, nel 1847 è stato definitivamente relegato dalla filologia nel novero delle opere spurie, grazie all'accurata esegesi di Georg Heinrich Pertz e Rudolf Köpke. La fabbricazione del Chronicon Cavense è stata definita da Herbert Bloch come «la più audace falsificazione tra quelle compiute nel XVIII secolo».
Cronaca d'Ubaldo
Un altro esempio notevole in tal senso è la cosiddetta Cronaca napoletana di Ubaldo (1751), smascherata solo nel 1855 dall'esegesi di Bartolommeo Capasso.
Le opere e i documenti apocrifi di Pratilli hanno avuto una notevole influenza sulla storiografia medievale successiva, con effetti negativi che studiosi come Nicola Acocella, Nicola Cilento e Herbert Bloch giudicano perduranti per tutto il periodo tra l'Ottocento e il Novecento. La gravità delle accuse nei confronti di Pratilli ha portato i citati Cilento e Bloch ad affermare che la figura di Pratilli è quella «di un morto che non è morto abbastanza».
Attività in campo epigrafico
In campo epigrafico, la sua attività falsificatrice incontrò tra i critici più feroci il famoso storico e archeologo Theodor Mommsen, il quale, nel Corpus Inscriptionum Latinarum, si espresse sul Pratilli con un giudizio tranchant: "Sequitur qui infestavit et maculavit cum universam regni Neapolitani epigraphiam tum maxime litteratorum lapidum thesaurum Campanum Franciscus Maria Pratillius canonicus Capuanus".
Stante il giudizio negativo del Mommsen, nel Novecento sono state riconosciute come autentiche alcune iscrizioni epigrafiche latine riportate dal canonico capuano.
Opere
Della Via Appia riconosciuta e descritta da Roma a Brindisi, libri IV, Napoli 1745.
Lettera ... indirizzata al sig. Antonio Chiariti in Napoli sull'interpretazione di una moneta di Re Guglielmo II per soprannome il Buon Monarca delle Due Sicilie.
Di una nuova moneta del tiranno Giovanni lettera ... al signor Giannantonio Sergio, 1747.
Di una moneta singolare del tiranno Giovanni, Napoli 1748.
Vita di Camillo Pellegrino De monasterio Theanensi (nel vol. I della Historia principum Longobardorum di Camillo Pellegrino, Napoli 1749).
Cronaca di Ubaldo (nel vol. III della Historia principum Langobardorum, Napoli 1751).
Chronicon Cavense (nel vol. IV della Historia principum Langobardorum, Napoli 1753).
De' consolari della provincia della Campania: dissertazione ... indiritta al signor Teofilo Mauri avvocato napoletano, Napoli 1757.
Della origine della metropolia ecclesiastica della chiesa di Capoa, dissertazione ..., Napoli 1758.
↑In molti lavori, l'anno di pubblicazione dell'articolo Pertz e Köpke è erroneamente indicato come 1828, in evidente contraddizione con la data di nascita di Rudolf Köpke (n. 1813 – m. 1870). Nell'articolo di Nicola Cilento, la data è indicata correttamente in 1847
↑Georg Heinrich Pertz e Rudolf Köpke, Über das Chronicon Cavense und andere von Pratillo herausgegebene Quellenschriften, in "Archiv der Gesellschaft für ältere deutsche Geschichtskunde", IX (1847), Hannover, pp. 1-239
12Nicola Cilento, Il falsario della storia dei Longobardi meridionali: Francesco Maria Pratilli (1689-1763) in Italia meridionale longobarda, Riccardo Ricciardi editore, Milano-Napoli, 1971, 2ª ed., pp. 35-51
↑Nicola Acocella, La traslazione di san Matteo. Documenti e testimonianze, Salerno, 1954, p. 14
↑Nicola Acocella, La traslazione di san Matteo. Documenti e testimonianze, Salerno, 1954, p. 15
↑Nicola Cilento, Il falsario della storia dei Longobardi meridionali: Francesco Maria Pratilli (1689-1763) in Italia meridionale longobarda, Riccardo Ricciardi editore, Milano-Napoli, 1971, 2ª ed., pp. 35-37
↑Nicola Cilento, Il falsario della storia dei Longobardi meridionali: Francesco Maria Pratilli (1689-1763) in Italia meridionale longobarda, Riccardo Ricciardi editore, Milano-Napoli, 1971, 2ª ed., p. 47
↑Segue colui che infestò e macchiò tutta l'epigrafia del Regno di Napoli e in particolare il tesoro letterario delle lapidi Campane, Francesco Maria Pratilli, canonico di Capua
↑Raffaele Palmieri, Su alcune iscrizioni pratilliane, in Misc. Greca e Romana, 8 (1982) (Stud. Ist. It. Stor. Ant., 33), pp. 417-431 e Heikki Solin, Corpus inscriptionum Latinarum, vol. X, nota 120 a pag. 93
Bibliografia
Nicola Cilento, Il falsario della storia dei Longobardi meridionali: Francesco Maria Pratilli (1689-1763) in Italia meridionale longobarda, Riccardo Ricciardi editore, 2ª edizione, Milano-Napoli, 1971
Antonio Soria, Memorie storico-critiche degli storici napoletani, Napoli 1781-1782, vol. II, pag. 502;