Giovanni Apocauco (Naupatto, ... – 1233) è stato un vescovo ortodosso bizantino.
Nipote di Manasse di Naupatto e metropolita di Naupatto, si alleò con il despota Costantino Comneno Ducas, di cui ne contestò il dominio autoritario e le misure eccessive imposte alla popolazione. La disputa portò alla deposizione forzata e all'esilio di Apocauco nel 1220, e si risolse solo nel maggio 1221 con un sinodo che riunì rappresentanti delle principali sedi ecclesiastiche della Grecia e dei domini epiroti. In seguito i rapporti tra Costantino e Apocauco si appianarono e il vescovo arrivò perfino a comporre un elogio in suo onore. In seguito si avvicinò al fratello Teodoro I d'Epiro (1222), propugnando la creazione di una Chiesa indipendente e autocefala. Gli ideali di Apocauco si spensero con la caduta di Teodoro (1230), che lo costrinse a farsi monaco.
Giovanni Apocauco fu un autore prolifico e realizzò numerosi importanti scritti sulla storia giuridica, religiosa e politica dell'Epiro e dell'Albania.
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