Ha insegnato per tre anni in Alsazia. Nel 1877 tornò a Basilea per insegnare pianoforte. Nel 1889 entrò alla Scuola di Musica di cui divenne direttore nel 1896. La scuola fu annessa al Conservatorio nel 1905 e Huber diresse le due istituzioni fino al 1918. Dal 1899 al 1902 condusse il coro della società Basler Gesangverein. Tra i suoi studenti noti annoveriamo: Hans Münch, Rudolf Moser e Hermann Suter.
Con Friedrich Hegar, Huber si è impegnato per la fondazione dell'Associazione svizzera dei musicisti Schweizerischer Tonkünstlerverein (STV) nel 1900.
Tra le sue opere principali, sono da annoverare le otto Sinfonie, delle quali la prima si è ispirata alla leggenda di Guglielmo Tell, la seconda ha preso spunto dalle opere di Arnold Böcklin, la terza è denominata Eroica, la quinta si chiama Der Geiger von Gmünd, la sesta è intitolata Ländliche, la settima Schweizerische Symphonie. Le sinfonie seguono lo stile di Brahms.
Ha scritto per il teatro varie opere, tra le quali: Kudrun, Florestean, Die Schöne Bellinda.
Sua figlia Elisabeth sposò il chirurgo Franz Merke.
Opere principali
Sinfonie
Sinfonia n ° 1 in Re minore "Tellsinfonie", op. 63 (ca. 1882);
Sinfonia n ° 2 "Böcklin Symphony", op. 115 (ca. 1900);
Sinfonia n ° 3 in Do maggiore "Eroico" per soprano e orchestra, op. 118. (ca. 1908);
Sinfonia n ° 4 in "Accademico", un Concerto Grosso (1909);
Sinfonia n ° 5 in Fa maggiore The Fiddler of Gmund ;