Jacobus Bontius, nato Jacob de Bondt (Leida, 1592 – Batavia, 30 novembre 1631), è stato un medico olandese pioniere di medicina tropicale.
È conosciuto per la sua opera in quattro volumi De medicina Indorum. Il suo lavoro del 1631 "Historiae naturalis et medicae Indiae orientalis" introdusse la parola "Orang Hutan".
Bontius nacque a Leida, ultimo di otto figli del medico Gerard de Bondt / Gerardus Bontius (1536–1599), professore all'Università di Leida. Tra i suoi fratelli c'erano Reinier de Bondt / Regnerus Bontius (1576–1623), medico di corte di Maurizio di Nassau, e Willem de Bondt / Wilhelmus Bontius, professore di diritto all'Università di Leiden.
Jacobus si laureò in medicina a Leida nel in 1614. Si recò nella Indie Orientali con Jan Pieterszoon Coen, per conto della Compagnia olandese delle Indie orientali.
Le osservazioni mediche Bontius furono pubblicate dopo la sua morte. Comprendono quella che è considerata la prima descrizione clinica del beriberi.
Descrisse anche l'epidemia di dissenteria a Giava nel 1628.
La seconda edizione del 1658, sistemata da Willem Piso, fu ampliata e incluse materiali dello stesso Piso sulle Americhe.
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