Era figlio di Cornelis Claesz., marinaio e successivamente commerciante di legname ad Amsterdam, che prese il nome dalla madre adottiva, una figlia dell'insegnante battista Dirck Pietersz. van Nierop. Cornelis sposò ad Amsterdam Grietje Dirksdr. nel 1635; Jan era il loro figlio minore, che sposò nel 1687 la cugina Grietje Dirksdr. Hoogsaat.
Secondo Arnold Houbraken, era uno dei migliori allievi di Gérard de Lairesse, il cui stile seguì sia nelle opere di piccole che di grandi dimensioni. Lavorò nel palazzo Het Loo per lo StatholderGuglielmo III, su raccomandazione del suo stesso maestro, eseguì opere per Jan van Trip, Jan Six e altri, affrescò il soffitto del municipio di Amsterdam, ora Koninklijk Paleis, con l'allegoria della grandezza di Amsterdam (1715 c.). Nel 1730 realizzò a grisaglia la decorazione, ancora ben conservata, di una camera nella tenuta di Nijenburg presso Heiloo.
A Stoccolma si trovano due suoi dipinti rappresentanti scene bibliche, che presentano reminiscenze delle opere del maestro Gérard de Lairesse. Mentre il ritratto di donna conservato a Grenoble e a lui attribuito, in realtà è un'opera di Jan van Haensbergen. Alcuni suoi disegni si trovano ad Amsterdam e Rotterdam.
Jan Hoogsaat lavorò soprattutto nella zona di Amsterdam nel periodo dal 1706 al 1730 circa.