Nato a Los Angeles ed è cresciuto nelle isole Hawaii. Ha origini cinesi e, come discendente di terza-generazione sino-americana, è tre quarti sino-americano e un quarto hawaiano. Nella metà degli anni novanta, Lee interpretò alcuni ruoli in film di rilievo. Per il film Dragon - La storia di Bruce Lee, è stato scelto come secondo candidato (il primo era Brandon Lee, figlio di Bruce, che rifiutò il ruolo); dopo il film, divenne allenatore qualificato di Jeet Kune Do, addestrato da uno dei veri allievi di Bruce Lee, Jerry Poteet (1936-2012).
Nel 2000, recita nel ruolo del Re del Siam nel musicalThe King and I, con Elaine Paige. Ha ottenuto una notevole celebrità, sebbene tuttora continui a essere scritturato per interpretare ruoli secondari. Ha interpretato e diretto alcuni documentari, tra cui The Slanted Screen, nel 2006, diretto da Jeff Adachi, sulla vita degli asiatici a Hollywood.
Nelle versioni in italiano delle opere in cui ha recitato, Jason Scott Lee è stato doppiato da:
Fabio Boccanera in Rapa Nui, Mowgli - Il libro della giungla, Dracula II: Ascension, Hawaii Five-0 (ep. 1x08 e 3x13), Crouching Tiger, Hidden Dragon: Sword of Destiny