Nato in California da genitori britannici, inizia ad andare in moto a 4 anni. Esordisce nel motomondiale nel 2002, con una Yamaha YZR500 del team Red Bull Yamaha WCM, gommata Dunlop. Il suo esordio nella massima cilindrata (la neonata MotoGP), causa una moto difficile da guidare, non è dei più facili.
Infatti, l'esordiente californiano è solo quindicesimo in classifica mondiale con 58 punti, riuscendo però a precedere diversi piloti più esperti e quotati come Sete Gibernau, Tetsuya Harada, Régis Laconi e Garry McCoy (suo compagno di squadra). Questo exploit gli vale una proposta della Suzuki, che cerca di riprendersi il titolo iridato.
Tuttavia la Suzuki non riesce a imporsi tra i primi. L'anno successivo la Suzuki si accorda con la Bridgestoneː Hopkins riesce a mettersi in evidenza con una prima fila in Giappone ed un sesto posto in Portogallo. Nel 2005 la Suzuki migliora ma le prime posizioni sono ancora lontane, nel 2006 arriva un nuovo sponsorː Rizla, ed è l'ultimo anno delle MotoGP con 990cc. La Suzuki è già proiettata al 2007 con le nuove MotoGP 800cc e lavora per l'anno successivo, mettendo in pista un anticipo del 2007. Questa moto, sebbene non propriamente sviluppata per il 2006, si dimostra sufficientemente competitiva e permette a John Hopkins e Chris Vermeulen di presentarsi con una buona continuità nelle prime posizioni, e di conquistare tre pole position. Per il 2007 i piloti e lo sponsor sono confermati, ed i risultati arrivano con Hopkins che ottiene nelle prime quattro gare un quarto posto in Qatar, un sesto in Turchia ed un terzo posto in Cina con una caduta in Spagna, mentre lottava per il podio.
Il 2007 continua in modo altalenante per Hopkins che comunque riesce a prendersi qualche soddisfazione soltanto nella seconda parte di stagione. Il secondo posto in Repubblica Ceca e il terzo a San Marino lo portano nelle parti alte della graduatoria, grazie anche a una certa continuità nei risultati. L'ultima gara disputata con Suzuki, a Valencia, termina con un brillante terzo posto, che gli assicura il quarto posto finale in classifica.
Per la stagione 2008 lascia la Suzuki e firma con la Kawasaki. Nei test di inizio 2008, solo dopo aver completamente modificato gli assetti, Hopkins riesce a trovare un passo redditizio in previsione gara.
Il 2008 però si rivela un'annata tribolata: Hopkins e la moto di Akashi non ottengono i risultati sperati e a fine anno, stante la crisi economica globale, i vertici nipponici, nell'ottica di abbattimento dei costi, manifestano la loro intenzione di fare un passo indietro e ritirarsi dal motomondiale per puntare sul campionato mondiale Superbike. Così, Hopkins, che avrebbe dovuto affiancare Marco Melandri, rescinde il contratto, mentre al compagno viene affidata una Kawasaki privata gestita dal team Hayate.
Per il 2012 gareggia nel mondiale Superbike in sella a una Suzuki del Crescent Racing. Al termine della stagione annuncia che non correrà l'anno successivo, per cercare di riprendersi da pesanti infortuni precedenti.
Fa qualche apparizione nel campionato britannico Superbike fra il 2014 e il 2015, per poi ritirarsi definitivamente dalle corse. Terminata la propria carriera ha la possibilità di continuare a lavorare nel mondo delle corse venendo ingaggiato come Rider coach dal team American Racing impegnato nella classe Moto2 del mondiale.
Stati Uniti
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