Il porto di Kilindini è una baia naturale profonda che si diparte da Mombasa, nel Kenya, ed è profondo nel suo punto maggiore fino a 50 m circa. Il nome deriva da un termine swahili che significa "profondo", ed il sito è il principale porto, l'unico internazionale, del Kenya.
Durante la seconda guerra mondiale il porto ospitò parte della Eastern Fleet britannica nel periodo dell'incursione giapponese nell'Oceano Indiano, e la città ospitò un distaccamento del servizio segreto britannico di decrittazione con sede a Bletchley Park.
