L'attività politica di Caputo inizia negli anni '90 quando diventa consigliere comunale del suo comune natale Teverola, comune nel quale ricopre negli anni successivi la carica di assessore al bilancio, all'istruzione e alle attività produttive.
Dal 2005 al 2014, eletto per due volte consecutive, ricopre la carica di consigliere regionale della Campania. Durante il suo mandato presiede una commissione speciale per la trasparenza e il controllo delle attività della regione, contribuendo ad istituire la prima Anagrafe degli eletti sul territorio nazionale, tramite proposta di legge.
Ad aprile 2016 si distingue per essere l'europarlamentare più stacanovista in tutto il parlamento europeo, con una partecipazione a 3.102 votazioni su 3.103 effettuate. Nel giugno 2018 gli viene conferito l'incarico di coordinatore del Gruppo Socialisti & Democratici in Commissione Agricoltura e Sviluppo Rurale.
Alle elezioni europee del 2024 viene candidato ancora al Parlamento europeo, tra le liste di Stati Uniti d'Europa (costituita principalmente da Italia Viva e +Europa) nella circoscrizione meridionale, raccogliendo 42.369 preferenze e piazzandosi secondo dietro a Renzi ma, a causa del mancato superamento della soglia di sbarramento (del 4%) della lista, risulta non eletto.
Il 4 ottobre 2025 si dimette da assessore all’agricoltura della Regione Campania, e il successivo 10 ottobre annuncia l'abbandono di Italia Viva e l'adesione a Forza Italia.
La attività politica di Caputo si concentra particolarmente su alcuni temi:
Agricoltura
Durante il suo mandato, ha intrapreso diverse attività per incentivare politiche europee per un'agricoltura sostenibile, per ridurre la volatilità dei prezzi nei mercati agricoli e per migliorare l'efficienza della filiera agroalimentare. Nel 2018 è stato Rapporteur in Parlamento europeo per l'iniziativa Young Farmers Scheme, lavorando a supporto dei giovani agricoltori, con previsioni che riguardano l'accesso al credito e alla terra e il ricambio generazionale nel settore. Ha ospitato a Caserta il Commissario europeo Phil Hogan nell'ambito di una manifestazione sulla PAC e il Mezzogiorno.
Politiche europee per il Sud Italia
In Assemblea Plenaria, Caputo è intervenuto più volte su occupazione giovanile e parità retributiva di genere nel Mezzogiorno, oltre che sulla situazione ambientale, sanitaria e sociale nella Terra dei Fuochi. Ha assunto una posizione critica verso i risultati del programma Garanzia Giovani in particolare nel mezzogiorno d'Italia, chiedendo alla Commissione modifiche sostanziali del programma con un'interrogazione scritta co-firmata da oltre 40 parlamentari europei. Dall'inizio del suo mandato, Caputo è impegnato in un'attività di diffusione della cultura della progettazione europea nelle regioni del Sud Italia, attraverso incontri con esperti, eventi didattici e per mezzo della sua newsletter periodica.
Economia circolare
il 10 dicembre 2016, ha presentato in anteprima al Parlamento Europeo i dati SPI (Social Progress Index) relativi ad alcune regioni dell'UE, supportando l'adozione di uno strumento di calcolo del benessere alternativo al PIL. Il deputato ha inoltre supportato iniziative a favore delle aziende agricole a conduzione familiare, della pesca artigianale, dell'agricoltura conservativa e della lotta contro gli sprechi alimentari.
Diritto alla salute
Il 7 settembre 2015, il Parlamento europeo ha adottato una dichiarazione presentata da Caputo insieme a 400 colleghi proponenti l'adozione di una strategia europea integrata per l'autismo, promuovendo per la prima volta una strategia unificata per la ricerca, l'assistenza e la sensibilizzazione su questa patologia.
