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Pablo García iniziò la carriera professionistica nel Montevideo Wanderers, prima di passare all'Atlético Madrid nel 1997. Con i Colchoneros, tuttavia, non ha mai disputato una partita ufficiale, giocando solo con l'Atlético B.
In seguito, nel 2000 si trasferì in Italia, prima al Milan e poi (in prestito) al Venezia.
Dopo essere ritornato in Spagna nel 2002 e aver giocato nell'Osasuna per tre stagioni, le sue prestazioni convinsero il Real Madrid ad acquistarlo. Presto divenne la prima scelta dei madrileni al posto del danese Thomas Gravesen. Tuttavia, anche a causa di alcuni sfortunati infortuni, García non fu in grado di mantenere il posto da titolare. Nella stagione 2006-2007 Pablo García non rientrò più nei piani del nuovo allenatore delle merengues Fabio Capello, così dovette cercarsi una nuova squadra.
Il 29 agosto 2006 si accasò in prestito al Celta Vigo e l'anno seguente viene nuovamente girato in prestito dal Real alla neopromossa Real Murcia. Al termine della stagione viene rilasciato dal Real Madrid e si trasferisce in Grecia, al PAOK.
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