La specie tipo, R. messelensis, è nota da diversi esemplari fossili ben conservati provenienti dal famoso pozzo di Messel, risalente al Luteziano (Eocene), in Germania. Inizialmente, questi esemplari vennero interpretati come un parente precoce dei beccaccini dipinti (famiglia Rostratulidae), o come caradriformi precoci per quasi un secolo, prima di venire identificati come un ibis precoce nel 1983.
Nel 2023, una seconda specie, R. litoralis, venne descritta a partire da esemplari ritrovati nelle argille di Londra dell'Inghilterra, risalenti allo Ypresiano (Eocene). R. litoralis è nota principalmente per ossa isolate, ma anche per scheletri parziali multipli. Oltre alle loro diverse morfologie, entrambe le specie sembrano aver abitato habitat diversi, con R. messelensis che sembra più adattato ad habitat di acqua dolce, mentre R. litoralis sembra più portato verso habitat costieri.
Nel 2026, un esemplare di Rhynchaeites in gran parte completo e articolato proveniente dalla Formazione Green River degli Stati Uniti, è stato descritto come l'olotipo di una terza specie, R. mcfaddeni. Delle ossa delle zampe fossili potenzialmente attribuibili a Rhynchaeites sono stati ritrovati anche nella più antica Formazione Fur risalente allo Ypresiano (Eocene), in Danimarca. È stato anche ipotizzato che il presunto pappagallofossileMopsitta tanta, noto per un singolo omero, sia lo stesso uccello dei fossili delle zampe e quindi appartenga effettivamente al genere Rhynchaeites.
Descrizione
Fossile di Rhynchaeites sp.
Nonostante la sua stretta somiglianza con gli ibis moderni, Rhynchaeites differisce da quest'ultimi in diversi aspetti della morfologia, principalmente per le sue zampe molto più corte e l'apparente mancanza di nervi sensoriali nel becco. Quest'ultimo suggerisce che Rhynchaeites si affidasse principalmente alla vista per trovare il cibo, al contrario del sondaggio tattile utilizzato dagli ibis moderni. Le zampe corte di Rhynchaeites sembrano essere un tratto plesiomorfo e suggeriscono che le zampe lunghe si siano evolute più volte all'interno di Pelecaniformes.
