Di origine incerta, le ipotesi sull'etimologia di Sante e della sua variante Santi sono sostanzialmente due: secondo alcune fonti è semplicemente una variante del nome Santo; alternativamente, potrebbe derivare da un'aferesi del nome di Ognissanti, una festività cristiana alla quale fanno riferimento anche i nomi Toussaint e Santoro (anche quest'ultimo caso, peraltro, potrebbe essere considerato una variante di Santo, dato che la radice - il latinosanctus - è la stessa).
La variante Santi è particolarmente frequente, anche se circoscritta ad alcune zone della Toscana e della Sicilia; entrambe le forme, inoltre, sono attestate anche al femminile. Incidentalmente, Santi è anche l'ipocoristico di Santiago in spagnolo e in catalano.