Trama
Asia orientale, anno 2007: la tensione serpeggia fra Cina, Corea del Nord e Giappone, dopo che quest'ultimo, senza preavviso, dà vita all'I-SDF (Information Self Defense Force), un ente affiliato ai servizi segreti. Per cinesi e nordcoreani questa è una violazione della costituzione post-bellica, sufficiente a ritenere necessaria la statuizione di un blocco navale nel Mar Giallo. In ottica geopolitica, il Giappone e l'I-SDF godono del sostegno degli Stati Uniti e Third Echelon: ciò spinge Washington ad inviare la nave corazzata USS Clarence E. Walsh, al fine di calmare le acque e frenare i due paesi comunisti.
Intanto, l'agente Sam Fisher viene inviato in Perù a localizzare Bruce Morgenholt, geniale programmatore rapito, che lavorava per la decifrazione degli algoritmi di Phillip Masse, assassinato nel 2004 proprio da Fisher, dopo la Crisi informatica georgiana. Gli studi di Morgenholt lo portano alla costruzione di una super arma informatica, le cui informazioni sul funzionamento, se cadute in mani sbagliate, potrebbero avere conseguenze catastrofiche. Per questi motivi, Fisher viene incaricato di trarlo in salvo. Morgenholt viene torturato a morte dai suoi sequestratori, e l'agente arriva troppo tardi per salvarlo. Nel corso delle indagini da lui compiute nella base dei guerriglieri rapitori, scopre che Bruce Morgenholt era stato catturato da un gruppo separatista peruviano chiamato "Voce del Popolo", comandato da Hugo Lacerda, attualmente fuggito su una nave che navigava nel Pacifico chiamata Maria Narcissa. Sam si infiltra a bordo dell'imbarcazione per assassinare Lacerda e impedire che a sua volta diffonda le informazioni che Morgenholt gli ha rivelato, ma è troppo tardi: gli algoritmi sono già stati resi noti e venduti a terzi sconosciuti, che li utilizzano per provocare un black out in tutto il Giappone e a New York. I nipponici erano stato già attaccati in modo analogo in precedenza, e l'ammiraglio Toshiro Otomo, dell'I-SDF, contatta pertanto Third Echelon al fine di comunicare che è molto plausibile ritenere responsabili di tali azioni Cina e Nord Corea.
Sam, dopo aver fatto ritorno da Panama affinché investigasse sul presunto legame tra un'importante banca della capitale centro-americana e l'organizzazione paramilitare di Lacerda, viene mandato a New York per indagare su Abrahim Zherkhezi, un altro dei programmatori che ha lavorato con Morgenholt. Scopre che Zherkhezi è protetto dalla Displace International, una già nota società militare privata di proprietà del suo vecchio amico Douglas Shetland. Fisher si intrufola quindi negli uffici di Displace e apprende che l'azienda ha assunto Milan Nedich per la protezione di Zherkhezi, un fornitore di armi e un criminale di guerra bosniaco il quale ha segretamente trasferito Zherkhezi a Hokkaidō. Sam si infiltra nella villa sull'isola giapponese, uccide Nedich e assiste all'omicidio di Zherkhezi per mano di Douglas Shetland, che tuttavia riesce a fuggire.
Il 4 luglio 2007, la USS Clarence E. Walsh, posta come detto a presidio delle coste giapponesi in una situazione diplomatica divenuta assolutamente instabile, viene distrutta da un missile nordcoreano. Tale atto è inevitabilmente inteso come dichiarazione di guerra dalla Corea del Sud e dagli USA. Sin dall'inizio, però, la Corea del Nord dichiara di non aver lanciato il missile intenzionalmente, e Third Echelon ipotizza che tutto ciò sia stato causato da un attacco informatico. Fisher viene quindi mandato nella batteria missilistica responsabile del lancio nella penisola per investigare e verificare se la Corea del Nord è effettivamente coinvolta nell'attacco alla Walsh o se è opera degli algoritmi di Masse. Durante la missione, Fisher scopre che la Corea del Nord non stava mentendo e che l'attacco missilistico era dunque stato provocato dagli algoritmi di Masse. Nonostante tale importante scoperta, la situazione è ormai irrimediabilmente compromessa: la Corea del Nord ha iniziato l'invasione della Corea del Sud, assediandone la capitale Seul.
Fisher viene mandato a Seoul per controllare uno snodo di comunicazione per cui è passato l'attacco informatico, compito difficile per via delle forze nordcoreane presenti in massa. Compiute le dovute verifiche, Third Echelon si rende conto che tutti gli attacchi informatici sono stati in realtà organizzati da Displace International, la quale impiega gli algoritmi di Masse per comandare a distanza i missili nordcoreani nella speranza di far proseguire una guerra che aumenterebbe esponenzialmente i propri profitti. A complicare di più le cose, l'aereo EA-6B Prowler che riceve e ritrasmette i dati a Third Echelon viene abbattuto durante il volo sulla città, prima di aver cancellato i dati immagazzinati. Lambert è costretto a mandare subito Fisher a localizzare l'aereo, per guidare un bombardamento di precisione che lo distruggerà.
Third Echelon decide di inviare Sam Fisher a Tokyo per spiare l'incontro tra Shetland e i suoi complici, al momento sconosciuti. Questi si rivelano con grande sorpresa essere membri dell'I-SDF. Nel corso della riunione, l'I-SDF litiga con Shetland e ne nasce uno scontro a fuoco tra i soldati di Displace e le truppe d'assalto dell'I-SDF. Incurante del caos, Fisher riesce comunque ad inseguire Shetland. Dopo un tesissimo faccia a faccia tra i due in cui si discorre della loro amicizia e della dubbia stabilità statunitense, Fisher uccide Shetland. Il giocatore ha qui la possibilità di scegliere se sparare o meno a Douglas. A prescindere dalla decisione operata, l'esito non muterà e porterà alla morte dell'avversario: se Fisher non dovesse sparare ma rinfoderare l'arma, Shetland estrarrebbe la sua, ma verrà prontamente disarmato e pugnalato da Sam.
Dopo la morte di Shetland, Third Echelon fornisce a Sam Fisher gli strumenti necessari per infiltrarsi nella base subacquea dell'I-SDF per verificare l'implicazione del governo giapponese, qui si scoprono l'estraneità del governo alle azioni di Otomo e i suoi intenti pro-impero ed espansionistici.
Egli stesso ha acquisito una copia degli algoritmi di Masse da Displace per riportare il Giappone al dominio imperiale e ora minaccia di utilizzare gli algoritmi per lanciare un missile nordcoreano contro una città giapponese con l'intento di rendere il conflitto alla stregua di una terza guerra mondiale. Fisher si infiltra nei livelli più bassi della sede e riesce a fermare i piani di Otomo , facendo saltare i suoi server. Quest'ultimo, quando intravede Sam davanti alla sua porta, capendo di essere ormai in trappola, esegue il suicidio rituale del seppuku. La situazione appare critica, ma Fisher riesce a salvarlo in modo che possa testimoniare davanti alle Nazioni Unite, prendendosi la piena responsabilità per l'intera crisi coreana e impedendo così che il Giappone, e con esso il mondo intero, potesse sprofondare nel baratro della terza guerra mondiale.
Nel finale, il presidente USA ringrazia le forze armate e lancia un velato ringraziamento anche a Third Echelon, ringraziando "tutti coloro che agiscono nell'ombra per la libertà di tutti".
