Nato in Scozia nel 1883, Stuart Paton iniziò la carriera cinematografica negli Stati Uniti nel 1914 come sceneggiatore e attore. L'anno seguente passò dietro la macchina da presa, dirigendo il suo primo film per la Independent Moving Pictures. Continuò a scrivere per il cinema fino al 1927, mentre lasciò la recitazione già nel 1915. Diresse quasi settanta pellicole: il suo ultimo film The Alamo: Shrine of Texas Liberty - in cui appare anche come montatore - risale al 1938.
Morì in California, Woodland Hills, Los Angeles il 16 dicembre 1944 all'età di 61 anni. Fu inumato alla Chapel of the Pines Crematory.