Teofilo era un oppositore delle risoluzioni unioniste adottate dal concilio di Basilea, Ferrara e Firenze del 1431-1445, desiderando mantenere la chiesa ortodossa russa totalmente indipendente da quella cattolica, linea che perseguì una volta vescovo cementando i rapporti con Mosca e la subordinazione della metropolia di Novgorod a quella della capitale
A differenza di buona parte del clero di Novgorod, fortemente geloso della propria autonomia, Teofilo era fedele al metropolita di MoscaFilippo I, e per questo, alla morte di Giona nel 1470, fu il candidato vescovo appoggiato dai moscoviti. Novgorod infatti, dopo aver perso i primi scontri delle guerre contro Mosca iniziate nel 1456, risentiva fortemente dell'influenza della città rivale, e aveva un forte partito pro-moscovita di cui proprio Teofilo era uno dei principali esponenti. Il principale rivale di Teofilo era Pimen, sostenuto invece dal partito favorevole all'indipendenza della città. La situazione era ulteriormente confusa perché molti ortodossi erano favorevoli a una riconciliazione con la Chiesa cattolica promossa dal concilio di Basilea, Ferrara e Firenze, conclusosi nel 1445 e nei cui effetti unificanti per la Cristianità molti ancora credevano; a questa linea faceva capo Pimen, che voleva rinnovare la comunione col patriarca di Kiev, favorevole ai cattolici, mentre invece Teofilo era determinato a non staccarsi dalla chiesa ortodossa moscovita, che desiderava mantenere la completa autocefalia. Gli scontri divennero così aspri che, per risolvere la disputa, si ricorse ad un sorteggio casuale. Dalla procedura, tenuta il 15 novembre 1470, uscì vittorioso proprio Teofilo, che fu quindi proclamato nuovo vescovo di Novgorod. Pimen, insoddisfatto dell'esito sfavorevole, con l'appoggio dei magnati Marfa Boreckaja e Michele Olelkovič tentò di organizzare un complotto per destituire Teofilo, ma il partito moscovita fomentò un tumulto e il vescovo rivale venne linciato dalla folla.
La consacrazione di Teofilo da parte del metropolita Filippo I di Mosca in una cronaca coeva
La guerra contro Mosca
La contestata elezione di Teofilo si andò ad inserire nelle già compromesse relazioni diplomatiche tra Novgorod e Mosca, e fu uno dei motivi del riaccendersi della guerra l'anno successivo. Nel 1471 infatti lo zar Ivan III di Russia invase i territori della Repubblica di Novgorod per sottomettere la città, e Teofilo, operando in accordo alla sua fede politico-religiosa, si rifiutò di sostenere le iniziative militari novgorodiane. Il mancato sostegno della metropolia di Novgorod era molto grave per la causa repubblicana, poiché essa era proprietaria di vasti e ricchi latifondi ed era in grado di mettere in campo importanti forze militari; la sua opposizione fu quindi determinante per il fallimento finale della causa novgorodiana, che risultò quindi grandemente danneggiata dalla linea filo-moscovita di Teofilo. Pur senza il sostegno della ricca metropolia e soprattutto di re Casimiro IV di Polonia, alleato della repubblica ma tiratosi indietro dal fornire aiuti al momento dello scoppio della guerra, i novgorodiani riuscirono comunque a costituire un esercito per respingere l'invasione, che venne tuttavia sbaragliato alla battaglia del fiume Scelon del 14 luglio 1471.
Teofilo lascia Mosca con gli ostaggi liberati da Ivan III
Dopo la disastrosa sconfitta, Novgorod cercò la pace con Ivan, e a trattarla fu proprio il vescovo Teofilo, considerata la sua vicinanza alle autorità di Mosca. Teofilo, che al tempo rientrava tra le simpatie dello zar, riuscì ad ottenere tutto sommato dei termini non troppo duri per Novgorod. La repubblica si limitò a doversi nuovamente adeguare al trattato già in vigore con Mosca prima della guerra e al pagamento di una salata multa. Quindi il vescovo, che si riconosceva dipendente dal metropolita di Mosca, si recò nella capitale e fu ivi consacrato il 15 dicembre 1471 da Filippo I, dopo un anno dall'elezione a causa dei rivolgimenti politico-militari che avevano sconvolto i territori russi. Come segno di buona volontà, lo zar rilasciò numerosi prigionieri novgorodiani, che rientrarono quindi in città assieme a Teofilo nel successivo 1472.
Nel 1477 il partito anti-moscovita prese nuovamente il sopravvento e scoppiò ancora la guerra con Mosca, che andò anche peggio della precedente dato che la repubblica non seppe minimamente difendersi dalla successiva invasione moscovita. Ivan III mise sotto assedio la città, e solo una nuova mediazione di Teofilo impedì il peggio per Novgorod, che così infine si arrese. Stavolta Ivan non lasciò a Novgorod alcuna parvenza di autonomia, distruggendo le istituzioni repubblicane e deportando a Mosca buona parte dei boiardi e del clero ortodosso della città rivale. L'insistenza di Teofilo per condizioni più favorevoli per la città sconfitta cominciò a fargli perdere il favore di Ivan, che nel 1480 lo destituì dall'episcopato, lo imprigionò e lo deportò a Mosca, volendo a Novgorod una classe dirigente totalmente dipendente dalla sua volontà.
Ultimi anni, morte e culto
Ormai ritornato al semplice stato monacale, fu rinchiuso nel monastero di Čudov. Dopo una formale rinuncia alla metropolia di Novgorod nel 1483 per permettere l'elezione di un successore (Sergio di Novgorod), fu rilasciato ma comunque costretto a rimanere a Mosca. Nel 1484, nonostante fosse ormai anziano e si muovesse con difficoltà, decise di compiere un pellegrinaggio a Kiev, morendo il 26 ottobre successivo nella vecchia capitale della Rus' e venendo sepolto nel Monastero delle Grotte di Kiev.
