Thomas Willi (San Gallo, 27 luglio 1942) è un teologo svizzero di religione protestante.
Dopo aver studiato teologia protestante e lingue del Vicino Oriente antico a Basilea, Parigi e Gottinga, il 13 febbraio 1970 conseguì il titolo accademico di Doctor of Theology presso l'Università di Tubinga. Nel frattempo, era già stato nominato parroco di Eichberg e presidente della Stiftung für Kirche und Judentum di Basilea (Fondazione per la Chiesa e l'Ebraismo), della quale era membro anche il teologo Kurt Hruby, coautore di alcuni testi con Willi.
Nel 1991 completò l'abilitazione all'insegnamento universitario a Berna. Dal 1994 fino al suo pensionamento nel 2007 fu professore di Antico Testamento presso la Facoltà Teologica dell'Università di Greifswald.
Successivamente, fu nominato aggiunto ai professori onorari dello stesso dipartimento. Al febbraio 2020, risultava membro del comitato di redazione della rivista Judaica.
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