概況
国鉄情報システム部、中央情報システム管理センター、東京システム開発工事局、同国立システム工事所、旅客局中央販売センター、鉄道管理局のうちA局にランクされる局の情報区の全部または一部を母体として、1986年（昭和61年）12月9日に鉄道通信株式会社とともに設立され、1987年（昭和62年）の国鉄分割民営化により、国鉄の12承継法人のひとつとしてマルスなどのコンピュータシステム運用管理事業を継承した。
JR旅客6社およびJR貨物より一足早い（国鉄の分割民営化は1987年4月1日）1986年12月9日に会社が設立されたのは、国鉄からの引き継ぎに事前の手続が必要だったためである。正式名称が発表されるまでは「システム会社」と仮称されていた。
発足当初の社員は280人、引き継ぎ資産の簿価は170億円だった。なお、国鉄から民間借入金としての170億円の債務を継承した。継承当初はJR貨物のコンテナ管理を行う「エポックス」、車扱貨物の管理を行う「フォックス」も扱っていた。
マルスをはじめとした情報通信を扱うため、届出電気通信事業者（旧一般第二種電気通信事業者）となっている。
株主は、JRグループの鉄道事業7社（東日本旅客鉄道、東海旅客鉄道、西日本旅客鉄道、北海道旅客鉄道、四国旅客鉄道、九州旅客鉄道、日本貨物鉄道）である。そのため、取締役をはじめとした役員についても各社出身の非常勤役員が在籍する。
東京都渋谷区の本社を始め、札幌市・仙台市・東京都千代田区・名古屋市・大阪市・高松市・福岡市に支社・営業所を設けているが、国分寺市にある国立事業所（中央システムセンター）の規模が最も大きく、社員の過半数もそこに在籍する。
企業理念
JRシステムは「豊かで快適な社会」の形成に貢献します
- 人を大切にします。
- 豊かな社会の発展に貢献します。
- 信頼性の高い最良のサービスを提供します。
CYBER STATION
CYBER STATION（サイバーステーション）とはJRシステムが運営するインターネットサービスプロバイダ事業である。前身はパソコン通信の「PC-STN」。
CYBER STATIONスタート当初、「CYBER EXPRESS」（サイバー・エクスプレス）と呼ばれる専用ソフトウェアを用いたパソコン通信時代のサービス色が濃く、インターネット接続・閲覧は付属サービス的であった。また、ウェブブラウザは使えるが、電子メールクライアントは使えない（インターネット経由のメールはCYBER EXPRESSで読み出さなければならなかった）、ユーザー独自のウェブサイト（ホームページ）スペースがない代わりに、メンバーズスクウェアというウェブページをアップロードして公開する掲示板的サービスがあるなど、特殊色も強かった。
2020年現在では、専用ソフトウェアは不要になり、独自メールアドレスが利用できるようになり、一般的な電子メールクライアントが使えるようになり、ユーザー独自のウェブサイトスペースも使えるようになるなど、一般的なインターネットサービスが標準となっている。
指定席予約状況などが無料で確認できるJR CYBER STATION（ジェイアール・サイバーステーション）があるが、これはCYBER STATION紹介への役割もあった。
ユーザーのメールアドレスが「hogehoge@cyberstation.ne.jp」ではなく「hogehoge@hoge.jrnet.ne.jp」となっているのは、JRシステムがマルスの基幹通信ネットワーク（JR-NET）を運用しているためである。また、.jrnet.ne.jpの前のhoge（メールサーバ名）は、東海道新幹線・山陽新幹線の列車名に由来するスリーレター（kdm、hkr、nzm、max）を用いている。また、「hogehoge@sl-d51.jp」や「hogehoge@jrjr.jp」も使用できる。
インターネット列車予約サービス
大きな特色として、インターネットからJR全線の列車の指定席予約が行えるサービスがある。これはJRではPC-STN時代から長らくパソコン通信・インターネット上で列車予約が可能な唯一のサービスであり、プロバイダ加入時の大きな特典であった。
しかしその後JRグループ各社がそれぞれ列車指定席予約サービスを始め、それらのサービスが
- クレジットカードによる即時オンライン決済が可能。
- 予約後列車の発車日まで受取が可能。
- 割引特典が存在する。
- 自由席特急券の購入や乗車券との同時購入も可能。
など優位性が存在するのに対し、CYBER STATIONでの予約は基本的に「プッシュホン予約」（2013年1月31日終了）を踏襲したサービスであるために、
- オンライン決済ができない。
- 予約日から受取日までの期日制限（8日以内）が存在する。
- 予約・受取そのものが発車日2日前まで。
- 割引などのサービスがない。
- 乗車券や自由席特急券は予約・購入できない。
と、制限点が多い。しかし、JR各社の予約サービスは自社管内を利用する旅客を対象としたサービス展開であることから
- インターネット予約サービスでは一部の例外を除き、予約可能なエリアが自社管内およびその周辺エリアに制約される。かつて展開されていた電話予約サービスでは各社ともJR全線が予約可能エリアであったことから、インターネット予約サービスへ移行することでサービス範囲が縮小するケースもある。
- 他のJR会社管内でのきっぷの受取ができないケースがある。無割引のきっぷは受取可能な場合でも、連絡乗車券や企画乗車券は受取不可の場合がある。
- 予約時はクレジットカード決済が主な手段となる。予約サービスの提供会社が発行する指定クレジットカードへの入会が予約サービス利用の前提条件となるケースもある。
といった制限が大きいという弊害もあり（次節参照）、旅客が自ら予約対象の列車や受取予定の駅が対応していることを確認したうえで、予約サービスを適宜使い分けることを求められる。当サービスは、プロバイダ加入契約が必要ではあるものの全国のほぼ全ての定期列車を予約可能であり、全国どの窓口であっても受取が可能であるため、その点においては旅客にかかる負担は少ない。
なお、空席照会のみであればプロバイダ加入契約の有無にかかわらず当サービスを利用可能である。
列車予約サービスの比較
JR各社が提供している列車予約サービスとの比較は次の通り。なお、企画乗車券や旅行商品の予約販売のみを対象としたサービスは性質が異なるため本表には掲載していない。
原則は下表の通りであるが、他社への委託駅などでは取り扱い内容が制限される場合がある。また、一部の企画乗車券（割引きっぷ）を発券する場合は、発券可能な駅・地域に制約があるケースがある。この他、JRシステム以外のJR各社が提供する予約サービスの場合、決済したクレジットカードによって他社エリアでの受取が不可となるケースがある。詳細は各サービスの個別記事を参照のこと。
凡例
- ◎：管内の全線全列車予約・受取可能
- ○：管内の全線全列車予約・受取可能（一部の臨時列車等サービス対象外の列車を除く）
- ☆：管内の新幹線全線全列車予約可能（在来線はサービス対象外）
- ◆：一部の企画乗車券・連絡乗車券は受取不可の場合あり
- ▲：その他の制限あり（制限内容の詳細は注釈及び各サービスの個別記事参照）
- ×：利用不可
- 下線あり*：電話予約サービス
- 下線なし：インターネット予約サービス
日本
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