1995年にMR-Sの原型となる4人乗りコンセプトカー「MR-J 」を発表し、1997年の第32回東京モーターショーで「トヨタ・スポーツ800 の再来」と銘打って参考出品車として展示された後、1999年9月開催のフランクフルトモーターショーに、市販予定車として5速MT搭載車を展示、1999年10月に日本で、2000年春に欧州及び米国で発売した。2003年型での一部改良を経て、米国、英国を除く欧州及び豪州では2005年型まで、日本、メキシコ及び英国では2007年型まで販売した。日本国内の新車登録台数の累計は2万1,039台。
スペシャルティカー 市場が縮小して年間生産台数は2006年に1,000台程度となり、2007年7月末に流通在庫の新車登録を完了し販売終了となった。海外を含めた総生産台数は8万台に満たないが、これは他社同クラスの小型 オープン2シーター モデルと比較して少ない。MR-Sの名は1代限りで廃止となり、トヨタにおけるスポーツカー のラインナップは5年後の2012年に登場する86 まで途絶えることとなった。
日本ではMR-Sとして販売された一方、英語圏ではMrs.（ミセス） に通じてスポーツカーにそぐわないため、日本国外ではMR2 の名を引き継ぎ、欧州ではMR2ロードスター （MR2 Roadster ）、米国ではMR2スパイダー （MR2 Spyder ）として販売された。欧米では過去のMR2と区別するため、特にMk3もしくはW30と呼ばれることがある。なお、日本国内でスパイダーの商標はダイハツ工業 が保有している。フランス向けは初代よりMRとして輸出されていた。
車名の由来は「M idshipR unaboutS ports」（ミッドシップの小型車）の略。
トヨタによれば、MR-Sは専用のプラットフォームが採用された新しいライトオープンスポーツであり、生産が中止されたMR2の後継ではないとしていた。一方で欧米でMR2の名が継承されたことについては、欧米向けにはもともとターボの設定がなく、「ライトウェイトスポーツに路線変更した新型車」とのイメージ的なギャップがないためだという。
1ZZ-FEエンジン エンブレム プラットフォームはMR-S専用に開発されているが、部分的に既存のヴィッツ の基本コンポーネント を流用することで、エンジン出力は控えめながら軽量化による運動性の良さを追求し、運転を楽しめるスポーツカーを目指した。最適な重量配分を得るためにリアトランクを廃し、シート背面にラゲッジスペースを備える。
MR2（SW20型）と同じく、前輪駆動車のパワーユニットを後方に平行移動する手法で部品などを流用している。トランスアクスルが後輪の直上、エンジンはその前方とかなりリア寄りに置かれ、前後重量配分も後部が重い。車両重量は当初は1,000kgを下回っていたが、強化された衝突安全アセスメントに対応などのため、度重なる年次改良で補強されて最終的に当初よりも40kg程度車両重量が増加している。
エンジンは1.8L 自然吸気 の1ZZ-FE型を選択した。一方で、ボディサイズは2代目マツダ・ロードスター とほぼ同じながら、185mm長いホイールベースと前65mm／後30mmも広いワイドトレッドを与えることで横滑り限界速度を高めた。トランスミッションは5速MT のほか、新開発の5速シーケンシャル・マニュアル・トランスミッション（SMT） を搭載し、クラッチ操作が不要なだけでなく、ステアリングのボタンでシフト操作ができたことから、トヨタは「気分はF1ドライバー」と謳った。SMTの採用は日本の量産車では初めてである。2002年のマイナーチェンジ以降はMTおよびSMTともに6段に強化された。
国内向け車型は、トヨタマークがステアリングのみ刻印されており、エクステリアは一切なく「MR」を図案化したエンブレムがある。
1999年10月12日、ネッツトヨタ店及びトヨタビスタ店（2004年5月に新生ネッツ店 に統合）より発売。グレードは基本となる標準車のほか、装備を充実させた「Sエディション 」、装備を簡素化した「Bエディション 」の3種。外板色はスーパーブライトイエロー、グリーンマイカメタリック、スーパーレッドV、ブラック、シルバーメタリック、ブルーマイカ及びスーパーホワイトIIの7色で、内装もブラック、レッド及びイエローの3色が選べた。
2000年8月21日、英国調のロードスターに仕立てた「Vエディション 」を追加。外板色は、専用色となるダークグリーンマイカメタリックのほか、スーパーレッドV、ブラック、シルバーメタリック、ブルーマイカ及びスーパーホワイトIIの6色から選べた。また、「Bエディション」以外のグレードに5速SMT搭載車を追加。
2001年8月、一部変更。ボディカラーからグリーンマイカメタリックを廃止。
2002年8月2日、マイナーチェンジを実施し後期型に移行。トランスミッションをMT・SMTともに5速から6速に多段化し、リアタイヤサイズを205/50R15から215/45R16に大径化、フォグランプを追加、ヘッドランプとテールランプの意匠を変更、シート形状を穴あきタイプに変更、ボディおよびサスペンションの剛性を強化、インテリアを変更。また、全グレードでアルミホイールを採用した。ボディカラーは、シルバーメタリックを廃した5色にグレーマイカメタリック、シルバーマイカメタリック及びライトブルーマイカメタリックを加えた8色、内装はイエローをグレーに変更した3色となった。なお、「Vエディション」では専用色のダークグリーンマイカメタリックが選べる一方で、スーパーブライトイエロー及びライトブルーマイカメタリックは選択できない。
2004年2月、一部改良。ボディ剛性並びに衝撃吸収ボディ構造が衝突時の衝撃力を分散する能力を向上させ、車両重量が全車で30kg増えた。同時に「Bエディション」を廃止。
同年4月、改正消費税法第63条の2に基づく総額表示義務化施行に対応。
2005年12月1日、一部改良。フォグランプインジケーターの追加及びリアコンビネーションランプの配置を変更。
2006年1月、TTEが開発しToyota Motorsport GmbHが販売するTTEターボキットを装着したコンプリートカー「MR-S TTE Turbo tuned by TMG」を、株式会社ラックが全国のネッツ店で発売。
2007年1月9日、同年7月末の生産終了に先立ち、限定1,000台の特別仕様車「Vエディション ファイナルバージョン」の受注を開始。メッキ風エアインレットガーニッシュなどの専用装備をまとい、外板色はグレーマイカメタリック、シルバーマイカメタリック、ブラック及びスーパーレッドVの4色で、ソフトトップはレッドも選べた。
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RECKLESS MR-S（2005年）
ライトニング マックィーン apr MR-S（2008年）
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日本（神奈川県）
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