2004年、マイクロソフト社はSegoeの特定のフォント及びそのイタリック体フォントをオリジナルのフォントであるとして欧州連合 (EU) で登録商標及びデザイン特許の登録申請を行った。ドイツのフォント製作企業であるLinotype 社は、マイクロソフトのSegoe UIがLinotypeの開発したFrutiger （フルティガー）という書体に酷似しているとして抗議した。EUへの特許申請書の中でマイクロソフトは、LinotypeがFrutiger及びその派生フォントを2004年以前に発売していたことを示すことができなかった、と主張した。
EUはマイクロソフトの主張を退け、2006年2月にマイクロソフトの特許申請を却下した。マイクロソフトはこの判決に対して控訴することはなかった。マイクロソフトは現在でもアメリカ合衆国のデザイン特許をさまざまなSegoeをベースとしたフォントに適用している。
同じ時期となる2004年末、6年間Agfa の子会社だったMonotype社はTA Associates 社に買収され、会社名をMonotype Imaging と改めて運営することとなった。その後、2006年8月にMonotype ImagingがLinotypeを買収した。マイクロソフトのSegoe特許の正当性に異議を唱えたLinotypeは、当初マイクロソフトにSegoeを許諾したMonotypeの全額出資子会社になった。
上から順に Segoe UI、Frutiger、Segoeの違い Segoe UIとFrutigerではいくつかの文字で全く違う形を採用しており、Frutigerよりも低解像度のスクリーンにおける使用において大きな違いが反映されるようになっていた。しかし、Ulrich Stiehlは、これらの違いの多くはSegoe UIの新しい版で導入されたものであり初期のSegoe UIはFrutigerに酷似していると指摘した。
2005年11月、マイクロソフト社のタイポグラフィ グループを統括していたSimon Danielsは「オリジナルのSegoeフォントはマイクロソフトのため、マイクロソフトの手で作成されたものではなかった。初期のデザインはライセンス契約をしていたMonotype社によるものであり、異なるプロセス、アプリケーションやデバイスへの搭載過程の中で必要に応じてカスタマイズし、フォントの拡充、拡張を行なってきた」と述べた。
2006年4月、マイクロソフト社の広報担当者は次のように述べた。
「Segoeは2000年にAgfa Monotype社によりオリジナルのフォントとして開発されたものである。2003年、我々はオリジナルのSegoeフォントを取得しSegoeの名のついた一群の拡張フォントを開発するためSegoeフォントを使用した。これらの新しいフォントの多くはアメリカ合衆国においてデザイン特許により保護されている。SegoeはFrutiger由来のフォントではない。マイクロソフトはOfficeやWindowsを含むマイクロソフト製品を使用する際にある種のFrutigerフォントを配布可能にできるような最新のライセンスも保有している。SegoeとFrutigerは、はっきりとした違いがある。クローンを行った書体と異なり、Segoeのフォント群はFrutigerの代替として使用できるような互換性を有していない。」 アメリカ合衆国の著作権法の下では、機能テキストフォントの抽象的な文字の形は著作権が適用されず、フォントに含まれるプログラミングコードにのみ著作権法が適用される。これはクローンフォントの作成と配布を可能にした。
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