SIMAP(Similarity Matrix of Proteins, 단백질 유사도 행렬)은 분산 컴퓨팅을 사용하여 생성된 단백질 유사도 데이터베이스이다. 이 데이터베이스는 과학적 목적으로 무료로 이용할 수 있다. SIMAP은 단백질 유사도를 사전 계산하기 위해 FASTA 알고리즘을 사용하며, 다른 애플리케이션은 은닉 마르코프 모형을 사용하여 단백질 도메인을 검색한다. SIMAP은 뮌헨 공과대학교, 헬름홀츠 뮌헨 센터, 빈 대학교의 공동 프로젝트이다.
이 프로젝트는 보통 매달 초에 새로운 작업 단위를 받았다. 최근(2010년)에는 데이터베이스에 환경 유전체 서열이 포함되면서 수개월간의 지속적인 작업과 같이 더 긴 활동 기간이 필요하게 되었다. 일반적으로 이러한 업데이트는 1년에 두 번 발생했다.
2010년 4분기에 프로젝트는 뮌헨 공과대학교의 전기 인프라 고장으로 인해 빈 대학교로 이전되었다. 이 과정의 일부로 프로젝트 전용 URL을 생성해야 했으며, 기존 참가자와 사용자는 프로젝트를 분리했다가 다시 연결해야 했다.
2014년 5월 30일, 프로젝트 관리자는 10년의 역사 끝에 SIMAP이 2014년 말까지 BOINC를 떠날 것이라고 발표했다. 하지만 SIMAP 연구는 "수백 개의 일반 멀티코어 CPU"로 구성된 로컬 하드웨어를 사용하여 스미스-워터만 알고리즘의 SSE 최적화 버전을 계산하는 방식으로 계속 진행될 예정이다.
SIMAP은 BOINC 분산 컴퓨팅 플랫폼을 사용했다.
작업 단위의 CPU 시간은 15분에서 3시간 사이로 매우 다양했다. 작업 단위의 크기는 각각 1.5에서 2.2 MB였으며, 평균적으로 약 2 MB였다. SIMAP은 SSE 지원 프로세서와 X86-64 프로세서에 최적화된 클라이언트 소프트웨어를 제공했다. 구형 프로세서의 경우 비 SSE 애플리케이션이 제공되지만 수동 설치 단계가 필요하다. SIMAP에서 지원하는 운영 체제는 리눅스, 윈도우, Mac OS, 안드로이드 및 기타 UNIX 플랫폼이다. 데이터베이스가 공개적으로 알려진 모든 단백질 서열과 군유전체를 프로젝트에서 미리 계산하여 완료된 경우가 있었기 때문에, 가용한 작업은 SIMAP을 위해 미리 계산되어야 하는 새로 발표된 단백질 서열과 군유전체로 구성되었다.