De voor de kwalificatie gekwalificeerde club Al-Kuwait Kaifan (Koeweit) als winnaar van de AFC Cup 2009 mocht niet aan de kwalificatie deelnemen omdat hun land niet aan de gestelde criteria van de AFC voor deelname voldeed en werden naar de ‘lagere‘ AFC Cup 2010 verwezen. De verliezer van dit toernooi, Al-Karamah uit Syrië, kon wel deelnemen op grond van deze criteria. Dit had als gevolg dat er uiteindelijk 37 clubs deelnamen waarvan vijf in de kwalificatie werden uitgeschakeld. Deze vijf clubs speelden verder in de AFC Cup 2010.
De loting voor de resterende rondes vond plaats in Kuala Lumpur, Maleisië op 25 mei 2010. De wedstrijden in de kwartfinale werden op 15 en 22 september gespeeld .