De Agent van Marine was tussen 10 februari 1798 en 14 december 1801 het centrale bestuursorgaan van de Nederlandse marine onder leiding van een zogeheten agent. Het was de opvolger van het Comité tot de Zaken van de Marine en werd in 1801 weer opgevolgd door de Raad van Marine.
Na de staatsgreep van 22 januari 1798 in de Bataafse Republiek gepleegd door radicale revolutionairen voor wie de hervormingen niet snel genoeg gingen werd vanuit de oude Nationale Vergadering een Constituerende Vergadering geformeerd en werd er een Uitvoerend Bewind van vijf personen ingesteld. Alle comités van het vorige bewind, waaronder het Comité tot de Zaken van de Marine, werden opgeheven. Het nieuwe bewind stelde een aantal agentschappen in, vergelijkbaar met ministeries van nu. Jacob Spoors werd benoemd tot Agent van Marine. Hij was door de coupplegers min of meer gedwongen zijn benoeming te aanvaarden, omdat hij anders verbannen zou worden. Spoors nam van de leden van het Comité alleen Gerrit Jan Jacobson en Augustijn Besier over in de organisatie van het agentschap, dat verder bestond uit de secretaris Cornelis Nozeman en een 30-tal commiezen en klerken.
Na de staatsgreep van 12 juni door meer gematigde revolutionairen, waarbij Spoors een hoofdrol speelde, bleef het agentschap ongewijzigd. Wel werd op 6 november in de Constituerende Vergadering een uitgebreide instructie voor den agent van marine aangenomen, waarin de verantwoordelijkheden en werkzaamheden precies werden omschreven. De Agent van Marine viel direct onder het Uitvoerend Bewind en hield ‘het algemeen toezicht over alles wat den oorlog en de verdediging van den Staat te water betreft’, inclusief het beschermen van de koopvaardij. De agent was ook de tussenpersoon tussen het Uitvoerend Bewind en iedereen die iets met de marine te maken had. Hij moest aan het Uitvoerend Bewind iedere maand een rapport opleveren over de toestand van de vloot en de scheepswerven, arsenalen, pakhuizen en dokken, en ieder jaar in september een begroting opstellen. Uitzenden van vloten mocht alleen met toestemming van het Uitvoerend Bewind. Ook de benoeming van officieren gebeurde door het Uitvoerend Bewind, maar in de praktijk altijd op voordracht van Spoors of van de uit Britse krijgsgevangenschap teruggekeerde vlagofficier Jan Willem de Winter. Door het tekort aan officieren ontstaan na de Zeeslag bij Camperduin en de capitulatie in de Saldanhabaai was Spoors genoodzaakt ook kapiteins aan te nemen die bekendstonden om hun orangistische sympathieën. Dit zou later grote gevolgen hebben.
De 56 artikelen van de instructie hielden een veel grotere verantwoordelijkheid in dan het Comité ooit gehad had, maar in plaats van dat de taken gespreid waren over 21 personen kwamen ze in handen van één persoon. Alleen de heffing van licenten en convooien en het loodswezen werden overgeheveld naar de Agent van Nationale Economie (Johannes Goldberg), hoewel die beslissing wat betreft het loodswezen in december 1800 weer werd teruggedraaid.
.jpg)
De luitenant-generaal Daendels, Spoors en De Winter hadden de illusie dat met voldoende inspanning de vloot weer de statuur van die in de Gouden Eeuw kon krijgen, maar realiseerden zich te weinig dat de Bataafse Republiek een satellietstaat was van Frankrijk. In maart 1798 moest Spoors bij Vlissingen 200 kleine transportschepen bijeenbrengen voor een Franse invasie van Groot-Brittannië. Dat bleek erg moeilijk vanwege de tegenwerking van veel schippers die hun vaartuigen niet wilden afstaan. Gelukkig werd de invasie afgeblazen ten gunste van Napoleons expeditie naar Egypte. Later dat jaar moesten er oorlogsschepen en transportschepen geleverd worden om Franse troepen naar Ierland te vervoeren om daar de opstandelingen te gaan helpen. Ook die plannen werden afgeblazen, maar twee al uitgevaren fregatten werden voor ze konden terugkeren veroverd door de Britten: de Furie en de Waakzaamheid. Steeds werd veel geld voor de uitrusting van schepen voor niets uitgegeven. Het Franse bewind stond niet toe dat de Bataafse vloot naar Oost-Indië ging.
Intussen hadden orangisten rond de gevluchte stadhouder Willem V en zijn zoon (de erfprins) plannen gesmeed voor een Britse invasie op de kust van Holland om de oude Republiek te herstellen. De Britten geloofden niet in een massale contra-revolutie van de Bataafse bevolking maar zagen kansen in een mogelijke overname van de overwegend oranjegezinde Bataafse vloot bij Texel. Dit leidde tot het Vlieter-incident in augustus 1799. Bij het naderen van de Britse vloot ontruimde Daendels de Stelling Den Helder, waarna de Britten die bezetten en prinsen- en oud-hollandse vlaggen hesen. Viceadmiraal Samuel Story trok toen conform de opdracht van Spoors het Bataafse eskader terug naar het Vlieter om de toegang tot de Zuiderzee te versperren. Na muiterijen van het scheepsvolk en opzettelijk verkeerde informatie van zijn kapiteins over de situatie besloot Story tot overgave aan de Britse viceadmiraal Andrew Mitchell. De Bataafse oorlogsschepen werden op 10 september overgevaren naar Groot-Brittannië maar zouden niet meer in actie komen tegen de Bataafse Republiek. Het scheepsvolk trad in dienst bij de erfprins. Spoors vond dat er streng en exemplarisch gestraft moest worden. Het Uitvoerend Bewind stelde op 8 oktober een Hoge Zeekrijgsraad in die veel officieren al of niet bij verstek ontsloeg of degradeerde. Een enkeling kreeg de doodstraf.
Op 1 oktober 1801 werd onder druk van de Fransen de Bataafse Gemenebest uitgeroepen met weer een nieuwe grondwet: de Staatsregeling des Bataafschen Volks, een versoberde versie van die van 1798, waarin de regering, voortaan Staatsbewind genoemd, meer macht kreeg. Het Staatsbewind had 12 leden, waaronder Spoors. In plaats van een Agent van Marine kwam er op 14 december een Raad van Marine met drie leden: Henricus Aeneae, Gerrit Jan Jacobson en Henricus van Roijen. De raad kreeg nieuwe instructies, en was vooral een uitvoerend orgaan in dienst van het Staatsbewind. Spoors bleef zo grote invloed houden op de benoemingen van officieren en de inzet van de vloot. Ook kwam er een permanent militair gerechtshof: de Hoge Militaire Vierschaar.
Na de aanstelling door Napoleon van Rutger Jan Schimmelpenninck als raadpensionaris van wat inmiddels het Bataafse Gemenebest heette werd de Raad van Marine op 1 mei 1805 weer ontbonden. Van Roijen werd Secretaris van Staat voor de Marine, maar werd op 20 mei al weer vervangen door de zeer Fransgezinde viceadmiraal Carel Hendrik Ver Huell. Viceadmiraal De Winter werd inspecteur-generaal van de marine, een nieuwe functie, en kreeg ook het bevel over de zeemacht. Bij de oprichting van het Koninkrijk Holland met koning Lodewijk Napoleon werd Ver Huell op 9 juni 1806 Minister van Marine. Op 10 december 1807 werd hij weer ontslagen en vervangen door Paulus van der Heim, die Minister van Marine en Koloniën werd, bijgestaan door twee commissarissen-generaal: Anton Reinhard Falck en Hendrik Alexander Ruysch. De vijf departementen (de opvolgers van de oude admiraliteiten) werden teruggebracht tot een Zuider- en een Noorderdepartement. Op 9 juli 1810 werd het Koninkrijk Holland door Napoleon ingelijfd bij het Franse Keizerrijk en werd de marine als organisatie volledig geïncorporeerd in de keizerlijke Franse marine.