Ferrer was gedurende acht seizoenen de onbetwiste rechtsback van FC Barcelona. Chapi kwam op 13-jarige leeftijd in de jeugd van FC Barcelona terecht. In 1987 won hij samen met onder andere Guillermo Amor met de Juvenil A, het hoogste jeugdelftal van FC Barcelona, de Copa del Rey Juvenil. In de finale werd met 2-1 gewonnen van de Juvenil A van Real Madrid. Na een korte periode op huurbasis bij CD Tenerife, debuteerde de verdediger in 1990 onder Johan Cruijff in het eerste elftal. Ferrer werd vervolgens een vaste waarde voor het succesvolle Dream Team, dat onder andere de Europa Cup I won in 1992. In 1998 moest de Catalaan echter vertrekken, omdat Louis van Gaal onvoldoende vertrouwen had in hem. Ferrer tekende bij het Engelse Chelsea F.C., waar hij tot 2003 onder contract stond.
Ferrer werd eind oktober 2010 aangesteld als hoofdtrainer van Vitesse, als opvolger van Theo Bos. Hij was de eerste Spaanse trainer in de Eredivisie. Samen met zijn assistenten Stanley Menzo en Albert Capellas moest hij Vitesse binnen drie jaar laten meestrijden om het landskampioenschap, zoals eigenaar Merab Zjordania voor ogen had. Vitesse won zijn eerste competitiewedstrijd onder Ferrer van Heracles Almelo, maar de resultaten bleven daarna wisselvallig. De ploeg presteerde vooral buitenshuis zwak en ontliep aan het einde van het seizoen ternauwernood de play-offs tegen degradatie. Zjordania was zeer ontevreden over de prestaties en stelde voor het volgende seizoen John van den Brom aan als opvolger van Ferrer.
Op 17 februari 2014 werd Ferrer aangesteld als hoofdtrainer bij Córdoba CF. In juni 2014 bereikte hij met Córdoba een promotie naar de Primera División via play-offs, nadat de club 42 jaar afwezig was geweest op het hoogste competitieniveau. Ferrer werd op 20 oktober 2014 ontslagen, nadat acht duels in de Primera División slechts vier punten hadden opgeleverd. De promotie leverde Ferrer wel de onderscheiding van Catalaans Trainer van het Jaar op. Vervolgens ging hij in de zomer van 2015 aan de slag bij Real Mallorca, maar werd daar op 1 december 2015 alweer ontslagen.
Spanje
Chelsea
: 36 interlands, 0 doelpunten.
Vitesse
Chelsea
·
2 Ferrer ·
3 Otero ·
4 Camarasa ·
5 Abelardo ·
6 Hierro ·
7 Goikoetxea ·
8 Guerrero ·
9 Guardiola ·
10 Bakero ·
11 Begiristain ·
12 Sergi Barjuán ·
13 Cañizares ·
14 Juanele ·
15 Caminero ·
16 Miñambres ·
17 Voro ·
18 Alkorta ·
19 Salinas ·
20 Nadal ·
21 Enrique ·
22 Lopetegui ·
Coach: Clemente