De club werd opgericht in 1939 en speelde vooral in de lagere divisies van het Portugese voetbal. Van 1998 tot 2002 speelde de club in de SuperLiga. Na 1 seizoen in de Liga de Honra keerde de ploeg weer terug op het hoogste niveau om het jaar daarna (2003/04) direct weer te degraderen. Ondertussen waren er grote financiële problemen en Alverca kreeg geen licentie meer voor het seizoen 2005/06. Daarom speelde de club geruime tijd op amateurniveau in de 1e divisie van het district Santarém. In het seizoen 2023/24 werd de club kampioen in de Liga 3 en promoveerde naar de Liga Portugal 2.
In februari 2025 werden Vinícius Júnior en zijn partners mede-eigenaar van de club, door tussen 70% en 80% van de aandelen te verwerven voor ruwweg €8 tot €10 miljoen.