FC Andorra is een voetbalclub uit Andorra la Vella en werd op 15 oktober 1942 opgericht Collegi de Nostra Senyora de Meritxell. Het was de eerste voetbalclub die in Andorra werd opgericht. In plaats van deel te nemen aan een nationale Andorrese competitie, sloot de club zich aan bij de Catalaanse voetbalbond en nam zij deel aan het Spaanse competitiesysteem en de Copa del Rey.
In het seizoen 1963/64 debuteerde FC Andorra in de Segunda Regional, waar de ploeg op de elfde plaats eindigde. Na meerdere jaren in de regionale divisies promoveerde de club in 1981 naar de Segunda División B, destijds het derde niveau van het Spaanse voetbal. FC Andorra bleef daar zeventien seizoenen actief, met uitzondering van het seizoen 1986/87, waarin de club uitkwam in de Tercera División. In de seizoenen 1988/89 en 1989/90 eindigde de club dicht bij promotie naar de Segunda División A, maar zonder succes.
Het grootste succes uit de clubgeschiedenis werd behaald in 1994 met het winnen van de Copa de Catalunya. In de halve finale schakelde het FC Barcelona uit en in de finale werd RCD Espanyol na strafschoppen verslagen. De wedstrijd eindigde na reguliere speeltijd en verlenging in 0-0; de strafschoppenserie werd met 4-2 gewonnen.
Aan het einde van het seizoen 1997/98 degradeerde FC Andorra naar de Tercera División. In de Copa del Rey behaalde de club haar beste resultaat in het seizoen 1995/96 door Palamós FC en Getafe CF uit te schakelen, waarna zij in de achtste finales werd uitgeschakeld door Celta de Vigo. Later zakte FC Andorra steeds verder af.
Kosmos Holding
In december 2018 werd FC Andorra overgenomen door Kosmos Holding, het investeringsbedrijf van voormalig FC Barcelona-speler Gerard Piqué. Kort daarna promoveerde FC Andorra naar de Tercera División na een reeks van 22 competitiewedstrijden zonder nederlaag. In juli 2019 nam de club de competitieplaats van CF Reus Deportiu in de Segunda División B over, nadat Reus wegens financiële problemen was gedegradeerd. Er waren verschillende clubs geïnteresseerd om de weggevallen plaats over te nemen, maar na het betalen van een afkoopsom van 452.000 euro werd de licentie toegewezen aan FC Andorra.
Op 20 februari 2020 besloot de club afscheid te nemen van hoofdtrainer Gabri García na een reeks tegenvallende resultaten. Diezelfde dag werd Nacho Castro aangesteld als zijn opvolger. In 2021 plaatste FC Andorra zich voor het eerst voor de promotie play-offs naar de Segunda División A. De club werd in de eerste ronde uitgeschakeld door Real Sociedad B, maar kwalificeerde zich wel voor de nieuw gevormde Primera Federación, het nieuwe derde niveau van het Spaanse voetbal.
FC Andorra promoveerde op 21 mei 2022 voor het eerst in haar geschiedenis naar de Segunda División A door UCAM Murcia CF met 1-0 te verslaan. Na twee seizoenen op het tweede niveau degradeerde de club op 26 mei 2024 opnieuw naar de derde divisie. Een jaar later wist het echter terug te keren na een overwinning op SD Ponferradina in de promotie play-offs. De club won het tweeluik met een totaalscore van 2-1.
FC Andorra speelde haar thuiswedstrijden oorspronkelijk op het Camp d'Esports de las Valls in Andorra la Vella. In 1983 verhuisde de club naar het Estadi Comunal d'Aixovall, dat na een renovatie plaats bood aan ongeveer 1.000 toeschouwers. Na de sluiting van dit stadion verhuisde de club in 2015 naar het Centre d'Entrenament de la FAF.
In de jaren die volgde speelde FC Andorra onder meer op het Camp de Futbol de Prada de Moles in Encamp. Sinds 2021 werkte de club haar thuiswedstrijden af in het Estadi Nacional, dankzij een overeenkomst met de Andorrese overheid. Daar werd op 8 mei 2022 een clubrecord gevestigd, toen 3.631 supporters de thuiswedstrijd tegen Albacete bijwoonden.
Na de historische promotie naar de Segunda División A in 2022 presenteerde de club plannen voor een nieuw stadion met een capaciteit van 6.000 plaatsen op de locatie van Prada de Moles. In hetzelfde jaar nam de eerste selectie ook haar intrek in het Estadi Comunal d'Andorra la Vella, dat werd omgevormd tot een modern trainingscentrum met natuurgrasvelden.
In juni 2025 verhuisde FC Andorra naar het Estadi de la FAF in Encamp, een stadion met ruim 5.100 plaatsen.
Tussen 1986 en 2013 beschikte de vereniging tevens over een zaalvoetbaltak, FC Andorra Futsal, die actief was in de hoogste en op een na hoogste Spaanse zaalvoetbalcompetitie.
Zie voor de club uit de Spaanse plaats Andorra: Andorra CF
Ferran Vilaseca
Cierco Group (10%)
