Zij doceerde van 1993 tot 2001 aan de Eastman School of Music in Rochester (New York), maar zij stapte later over naar de School of Music van de Northwestern-universiteit in Evanston (Illinois). Tijdens haar verblijf in Rochester werd zij huiscomponiste van het Chicago Symphony Orchestra, een functie die zij tot 2006 vervulde. In 2006 stopte zij met haar werkzaamheden als docente aan de Northwestern-universiteit en richtte zich volledig op het componeren. In de zomermaanden doceert zij aan de Tanglewood Music Center en was in 2009 directeur van het festival voor hedendaagse muziek in Tanglewood. In 2007 behoorde haar compositie Astral Canticle, een dubbelconcert voor viool, dwarsfluit en orkest tot de finalisten bij de Pulitzerprijs in muziek.
Thomas is vanaf 2000 bestuurslid van het American Music Center en was van 2005 tot 2008 de voorzitter. Zij werd gekozen als lid van de American Academy of Arts And Letters in 2009.
In juli 2011 werd zij professor voor compositie in de muziekafdeling aan de Universiteit van Chicago..
Thomas' composities zijn voornamelijk aan traditionele modellen zoals de sonatevorm en traditionele stijlen gelieerd, maar er zijn ook invloeden van de jazz en componisten zoals Luciano Berio in haar werken te herkennen. Tegenwoordig is zij huiscomponist van het "New Haven Symphony Orchestra".
2002Chanting to Paradise, voor sopraan, gemengd koor en orkest
2002In My Sky at Twilight, voor sopraan en kamerorkest
2002Song in Sorrow, voor sopraan, vrouwensextet, gemengd koor en orkest - tekst: van 40 verschillende dichters
2003Bubble: Rainbow (spirit level), voor sopraan en ensemble (dwarsfluit, hobo, viool, cello, piano, slagwerkers (vibrafoon - motor off, 2 crotales in Es en D en 2 bongos))
2004Gathering Paradise, liederencyclus voor sopraan en orkest
2004Final Soliloquy of the Interior Paramour, voor mezzosopraan, countertenor en klein ensemble
2004Prairie Sketches I: Diamonds on Orchid Velvet, voor sopraan, 3 vrouwenstemmen of een klein kinderkoor, dwarsfluit, hobo, klarinet, harp, viool, cello en slagwerk
2004Sun Songs — Three Micro-Operas, voor mezzosopraan en drie slagwerkers - tekst: Emily Dickinson
2005Carillon Sky, voor viool (of altsaxofoon) en klein ensemble (dwarsfluit (ook: piccolo), hobo, klarinet, trompet, trombone, twee slagwerkers, piano, harp, viool, altviool, cello en contrabas)
Francis Pieters: Lady Composers and the Wind Band/Ensemble, in: WASBE World - Official Magazine of the World Association for Symphonic Bands and Ensembles, December 2011, pp. 15-23, ISSN 2192-5127