Benjamin Limo begon serieus met lopen in 1997. In 1999 werd hij wereldkampioen veldlopen op de korte afstand. In 1999 werd hij op de wereldkampioenschappen vice-wereldkampioen op de 5000 m met minder dan een seconde achterstand op Salah Hisso.
Op de WK van 2005 was hij op de 5000 m echter wél de sterkste en werd hij wereldkampioen. Hij versloeg hierbij Sileshi Sihine. Limo werd datzelfde jaar beloond met de titel Keniaans sportman van het jaar. Ook liep hij dat jaar de marathon van Amsterdam in een tijd van 2:12.13.
Benjamin Limo nam nooit deel aan de Olympische Spelen. Dit vanwege de regel, dat elk land slechts drie atleten mag sturen per onderdeel. Kenia heeft een serie goede middellangeafstandsatleten en dan is het zeer lastig kwalificeren.
Limo is getrouwd en heeft vier kinderen. Hij is geen familie van Richard Limo, maar wel verre familie van de Keniaanse hardloper Felix Limo.