Op 22 maart 1998 leidde Gomes zijn eerste wedstrijd in de Portugese hoogste divisie, toen Vitória Setúbal met 2–1 won van Campomaiorense. Tijdens dit duel trok de scheidsrechter zesmaal de gele kaart. Zijn debuut in internationaal verband maakte de Portugees tijdens een wedstrijd tussen KRC Genk en Borussia Dortmund in de UEFA Intertoto Cup; het eindigde in 0–1 en Gomes gaf twee gele kaarten. Op 12 februari 2003 leidde hij zijn eerste interland, toen Griekenland door een treffer van Sotirios Kyrgiakos met 1–0 won van Noorwegen. Tijdens dit duel hield Gomes zijn kaarten op zak.