In zijn hoofdwerk De Jesu Christo Servatore (gedrukt in Polen, 1594) betoogde hij dat Christus niet door zijn kruisdood, maar door zijn zedelijk voorbeeld tot Verlosser is geworden. Zijn leer was tevens gematigd anti-trinitarisch. Zoals alle anti-trinitaristische stromingen accepteerde het socinianisme de leer van de goddelijke Drie-eenheid niet. Daarnaast wees het socinianisme de leer van de incarnatie (vleeswording) af.
Socinus leerde de volgende zaken:
De Bijbel kan niets bevatten dat met de rede in strijd is. Hij stond een rationalistisch Bijbelgebruik voor. Niettemin geloofde Socinus wel in wonderen, zoals de maagdelijke geboorte Zijn volgelingen in later eeuw hadden echter kritische kanttekeningen bij de wonderverhalen in de Bijbel.
Jezus was slechts mens. Jezus is voor Socinus niet God de Zoon, maar wel de Eniggeboren Zoon van God. Socinus ontkent daarom ook de Drie-eenheid. Opvallend is dat Socinus Jezus wel "God" noemt in de oneigenlijke zin van het woord en als eretitel. Volgens Socinus was God vanaf de geboorte van Jezus nauw betrokken bij diens leven. Socinus moedigde de verering van Jezus (adoratio Christi) aan en stond het aanroepen van Christus (invocatio Christi) als Middelaar toe en geraakte hierover in conflict met de radicale unitariër Ferenc Dávid, de stichter van de Unitarische Kerk van Transsylvanië, die fel gekant was tegen de aanbidding en aanroeping van Jezus.
De Heilige Geest is voor Socinus geen persoon, maar een kracht.
Socinus ontkende de leer van de erfzonde zoals deze door Augustinus en door de apostel Paulus werd beleden en geleerd.
De dood van Jezus was geen betaling voor de zonde, het was een bevestiging van zijn leer.
1623 - Gulden tractaet van de authoriteyt ofte geloofwaerdigheyt der Heyligen Schrifture. Dienende tot versterckinge in den gelove aen Iesum Christum onsen salighmaker, ende tot overtuyginge van Ioden, heydenen, Turken, atheïsten, libertijnen &c. t' Amsterdam, voor Jacob Colom
1630 - Het ampt van een Christen mensch
1631 - Vanden stant der Dooden, en straffe der verdoemden, nae dit leven. Verscheyden tractaten
1632 - Van de water-doop. Disputatie, oft Een christen mensche de selve mach ontbeeren
1638 - Corte verclaringe over het sevende capittel des Briefs aan de Romeynen ...: Met een brief van d'heer I.N. aan F.S. wedersprekende 't selve ghevoelen. Als ook F.S. antwoordt op den selven brief in 't langhe
1639 - Van de kercke off ghemeynte, verscheyden tractaten
1652 - Toet-steen, waer aen men onfeylbaer kan toetsen, wie men voor een broeder in Christo moet erkennen, om ontschuldigh te blijven van sectery
1654 - Disputatie vanden Heyland, of Salighmaker, Iesu de Ghesalfde, bij geschrift in 't Latijn gehouden, tusschen een Franschman, ende Italiaen
1664 - Fausti Socini Senensis Verklaringhe, over het eerste-deel van 't eerste cap. Joannis tot het 15. vers
1666 - Brieven aan zijn vrienden geschreeven. In welken van meest alle hooftstukken der Christelijke religie word gehandelt ..: Nooit in het nederlands voor deezen gedrukt