Trainersloopbaan
RVVH, Aruba en amateurvoetbal
Franken beëindigde in 2010 zijn spelersloopbaan en ging bij RVVH als trainer aan de slag. Hij trainde achtereenvolgens het eerste vrouwenelftal en het tweede mannenelftal. Met het vrouwenelftal promoveerde hij naar de Topklasse. Vanaf het seizoen 2013/14 was hij verantwoordelijk voor het eerste mannenelftal. In zijn eerste seizoen eindigde RVVH als tweede in de Hoofdklasse B en won de club de VoetbalRijnmond Cup. In 2015 promoveerde RVVH via de nacompetitie naar de Topklasse.
Na die promotie ontstond een conflict over zijn trainerslicentie. Franken beschikte op dat moment niet over het vereiste diploma en de KNVB verleende RVVH geen dispensatie. De club kondigde daarop een kort geding tegen de bond aan.
Van 2013 tot 2015 combineerde Franken zijn werkzaamheden bij RVVH met het bondscoachschap van Aruba. Tijdens deze periode selecteerde hij de toen nog voor BVV Barendrecht uitkomende Denzel Dumfries voor het Arubaanse elftal. Dumfries speelde in maart 2014 twee oefeninterlands tegen Guam. Omdat het oefenwedstrijden waren, behield hij de mogelijkheid om later voor het Nederlands elftal uit te komen.
In 2018 vertrok Franken naar Achilles Veen. De samenwerking werd in januari 2019 beëindigd. Een maand later werd hij voor de rest van het seizoen interim-hoofdtrainer van de zondagtak van FC IJsselmonde. Met FC IJsselmonde werd hij kampioen en promoveerde hij naar de tweede klasse.
ADO Den Haag
Franken trad in de zomer van 2019 in dienst van ADO Den Haag en werd trainer van Onder 15. Met dit elftal promoveerde hij naar het hoogste niveau van de leeftijdscategorie. In het seizoen 2020/21 kreeg hij Onder 18 onder zijn hoede. Vervolgens werd hij assistent-trainer bij het eerste elftal onder hoofdtrainer Ruud Brood.
Na het ontslag van Brood op 28 februari 2022 nam Franken tot het einde van het seizoen de functie van hoofdtrainer over. Onder zijn leiding versloeg ADO achtereenvolgens NAC Breda en FC Eindhoven in de play-offs om promotie naar de Eredivisie. In de finale verloor ADO na strafschoppen van Excelsior.
Vanaf het seizoen 2022/23 was Franken hoofdtrainer van ADO Onder 21. Op 2 oktober 2023 maakte de KNVB bekend dat hij de opleiding Voetbalcoach 5, voorheen UEFA Pro, met succes had afgerond. Dit is de hoogste Nederlandse trainersopleiding en geeft de bevoegdheid om als zelfstandig hoofdtrainer in het betaald voetbal te werken. Op 25 januari 2024 beëindigden ADO en Franken in onderling overleg per direct hun samenwerking. Hij werd bij Onder 21 opgevolgd door Ervin Lee.
Curaçao en China
In februari 2024 werd Franken assistent van bondscoach Dick Advocaat bij het Curaçaos voetbalelftal.
In 2025 vertrok Franken naar China. Op 11 maart werd hij aangesteld als hoofdtrainer van Shaanxi Union, dat uitkwam in de China League One, het tweede niveau van het Chinese voetbal. De club eindigde dat seizoen als negende. Na afloop vertrok Franken omdat geen overeenstemming werd bereikt over de doelstellingen voor een volgend seizoen. Tijdens zijn verblijf in China werd hij genomineerd voor de verkiezing van trainer van het jaar op het tweede niveau.
In mei 2026 keerde Franken terug als assistent van Advocaat bij Curaçao. In die functie maakte hij deel uit van de technische staf tijdens de eerste deelname van Curaçao aan een wereldkampioenschap. Curaçao behaalde tijdens het WK 2026 zijn eerste WK-punt door met 0–0 gelijk te spelen tegen Ecuador.
