Ekhator speelde bij Don Bosco in de jeugd, voor hij op zijn achtste gescout en overgenomen werd door Genoa. Bij deze club doorliep hij de jeugdopleiding, waar hij vanaf juli 2024 mocht meetrainen met het eerste elftal van coach Alberto Gilardino. Zijn professionele debuut maakte Ekhator op 9 augustus 2024 in een wedstrijd in de Coppa Italia tegen Reggiana. Door een doelpunt van Junior Messias werd met 1–0 gewonnen en Ekhator mocht van Gilardino vijf minuten voor tijd invallen. Zijn eerste doelpunt maakte de aanvaller op 5 oktober 2024. Hij maakte op aangeven van Filippo Melegoni het laatste doelpunt in een 5–1 nederlaag tegen Atalanta Bergamo. In oktober 2025 tekende Ekhator een nieuw contract bij Genoa, tot medio 2029.
Het seizoen 2025/26 leverde voor Ekhator dertig competitie-optredens op. Hierop maakte hij voor een bedrag van circa 16,4 miljoen euro de overstap naar Juventus, waar hij zijn handtekening zette onder een verbintenis voor de duur van vijf seizoenen.