Een microsoort (Engels: microspecies) is een morfologisch onderscheidbare eenheid, die slechts weinig verschilt van vergelijkbare eenheden, maar waarbij de verschillen wel constant zijn. Deze eenheden worden door sommige auteurs beschouwd als soorten en door andere auteurs als informele groepen. De auteurs die deze eenheden beschouwen als soorten kunnen deze beschrijven als normale soorten, met een normale wetenschappelijke naam. De auteurs die deze eenheden niet beschouwen als soorten zullen alle gepubliceerde wetenschappelijke namen beschouwen als synoniemen.
Het verschijnsel doet zich vooral voor in groepen waar apomictische voortplanting van planten gebruikelijk is. Voorbeelden van plantengeslachten waarbinnen microsoorten worden onderscheiden zijn havikskruid (Hieracium), braam (Rubus) en paardenbloem (Taraxacum); zie bijvoorbeeld Taraxacum texelense.
De term microsoort wordt met name gebruikt wanneer er een langjarig verschil van mening is, waarbij beide partijen vasthouden aan de eigen zienswijze. Een buitenstaander kan dan de term "microsoort" gebruiken om de algemene situatie aan te duiden zonder direct partij te kiezen.