Spaanse periode
Het gebied van Misamis maakte aanvankelijk deel uit van de provincie Cebu. In 1818 werd Misamis als afzonderlijke bestuurlijke eenheid georganiseerd en verdeeld in vier partidos: Partido de Misamis, Partido de Dapitan, Partido de Cagayan en Partido de Catarman. Het gebied omvatte naast het huidige Misamis Occidental en Misamis Oriental ook grote delen van het huidige Bukidnon, Lanao del Norte, Lanao del Sur en Zamboanga del Norte.
De Spaanse aanwezigheid in Misamis werd gedurende een groot deel van de 18e en 19e eeuw beïnvloed door aanvallen van groepen uit het binnenland van Mindanao. Bij Misamis werd daarom het fort Fuerte de la Concepción y del Triunfo gebouwd, terwijl ook Iligan en Cagayan belangrijke Spaanse versterkingen kregen. De koloniale controle bleef echter grotendeels beperkt tot de kustgebieden.
In de tweede helft van de 19e eeuw werd Misamis een van de politiek-militaire districten van Mindanao. Op 27 februari 1872 werd Cagayan de Misamis, het latere Cagayan de Oro bij decreet aangewezen als permanente hoofdstad van het district.
