Een pathogeen, ook ziektekiem genoemd, is een ziekteverwekker van biologische oorsprong, die na het binnendringen van een gastheer, en na zich vervolgens binnen die gastheer vermenigvuldigd te hebben, in de gastheer een infectieziekte kan veroorzaken. Het gaat daarbij om een micro-organisme in de vorm van een bacterie, schimmel of parasiet - protozoa en kleine ongewervelden, of om een biologisch deeltje in de vorm van een virus of prion.
Pathogenen worden in de medische microbiologie bestudeerd en kunnen, op grond van de mate waarin zij pathogeen zijn, worden ingedeeld, zowel wat betreft hun besmettelijkheid als wat betreft hun virulentie.
Pathogenen die overdraagbaar zijn door intermenselijk contact kunnen, door een exponentiële toename van het aantal geïnfecteerde, besmettelijke individuen, leiden tot een epidemie in een populatie, of zelfs tot een wereldwijde pandemie. Daarbij kunnen sommige individuen besmettelijke, asymptomatische dragers zijn van een pathogeen, die zich na infectie in de gastheer heeft vermenigvuldigd, zonder dat de gastheer ziek wordt. Voorbeelden van pathogenen die een pandemie veroorzaakten zijn de pestbacterie en het coronavirus.
Geleedpotigen die ziekten kunnen veroorzaken, zoals de schurftmijt, haarfollikelmijt, hoofdluis, schaamluis, worden meestal niet tot de pathogenen gerekend.
Pathogenen worden op verschillende wijzen overgedragen:
Om verspreiding van een infectieziekte, en een eventuele daaruit voortvloeiende epidemie te voorkomen, moet eerst bekend zijn hoe die ziekte zich verspreidt:
Algemene maatregelen in het belang van de hygiëne zijn tegen veel ziekteverwekkers effectief.
Als bijvoeglijk naamwoord betekent pathogeen in de geneeskunde 'ziekteverwekkend' in de breedste zin van het woord. Zo zijn bijvoorbeeld vergiften geen pathogenen, maar zijn ze wel ziekmakend/pathogeen.