Shafer S. Mahoney (Albany, 1968) is een Amerikaans componist, muziekpedagoog en dirigent.
Mahoney studeerde aan de Princeton-universiteit in Princeton en behaalde aldaar zijn Bachelor of Arts. Vervolgens studeerde hij aan de Eastman School of Music van de University of Rochester in Rochester en behaalde zijn Master of Arts. Zijn studies voltooide hij eveneens aan de Eastman School of Music en promoveerde tot Ph.D. (Philosophiæ Doctor) met de proefschrift David Lang's "International Business Machine" : an analysis alsook het werk Noisemaker, voor orkest. Tot zijn compositieleraren behoorden Samuel Adler, Warren Benson, David Liptak, Steven Mackey, Christopher Rouse en Joseph Schwantner.
Sinds 2006 is hij docent voor compositie aan de bekende Juilliard School of Music in New York. Vanaf 2010 is hij als professor verbonden aan het Hunter College van de City University of New York (CUNY).
Als componist schreef hij werken voor diverse genres. Hij ontving twee keer de Broadcast Music, Inc (BMI) Student Composer Award (1991, 1992), de Bearns Prijs en de American Society of Composers, Authors and Publishers (ASCAP) Morton Gould Award. Sinds 1999 is hij lid van het American Composers Forum.