De haven is gegraven in 1931 bij de Mercuriushaven en bood ruimte aan schepen en activiteiten die in het Oostelijk Havengebied niet meer gewenst waren. Rondom de haven lopen de Coenhavenweg en de Vlothavenweg. In 2017 presenteerde de gemeente Amsterdam het plan Haven-Stad, daarin wordt voorgesteld de Vlothaven te gebruiken voor woningbouw.
IGMA
Sinokor Sunrise voor het IGMA graanopslagcomplexTwee IGMA kranen lossen de Bulk Fern
In november 1961 werd het moderne graanopslagcomplex van de Internationale Graanoverslag Maatschappij Amsterdam (IGMA) aan de Vlothaven officieel geopend. De gemeente had een langdurig contract gesloten met Tradex, een dochteronderneming van het AmerikaanseCargill. Tradex sloot een contract om voor vijftig jaar tegen een vastgesteld tarief jaarlijks minstens zes miljoen ton graan te leveren aan IGMA. De IGMA werd een centraal distributiepunt naar andere Europese havens. Het IGMA complex bestond bij de aanvang uit een elevatorgebouw en 24 betonnensilo’s. Een 375 meter lange steiger kwam op ongeveer 50 meter van de kade voor het complex te liggen. De Vlothaven werd tot 15 meter diep uitgebaggerd waardoor schepen tot 100.000 ton konden aan- en afmeren. De losapparatuur maakte een onafgebroken overslag van 1200 ton graan per uur mogelijk.
In 1982 zijn de overslaginstallaties aan de pier gemoderniseerd. Vier pneumaten zijn vervangen door twee schroeflossers die het product niet meer pneumatisch maar mechanisch uit het laadruim halen. De groei maakte de aanschaf van drijvende kranen met weeginstallaties mogelijk. Er zijn vier lemniscaat kranen, waarvan de grootste een hefvermogen heeft van 36 ton. In de Vlothaven kunnen aan de pier zeeschepen met een diepgang tot 15 meter liggen. Verder zijn er vier laadplaatsen voor coasters en aken met een maximale diepgang tot 9 meter. Tot slot kunnen in de Vlothaven en Mercuriushaven schepen worden gelost aan boeien. IGMA kan jaarlijks 8 tot 9 miljoen ton agribulk, kolen en mineralen overslaan.
Medio 2017 worden alle walfaciliteiten van IGMA overgenomen door de firma Bunge. Dit gaat om een transactie betreffende de volledige overname van de sojacrush fabriek aan de Mercuriushaven. Om de toevoer van sojabonen naar de fabriek zelf te kunnen reguleren, koopt Bunge gelijktijdig het IGMA-kantoor en -magazijn, alle opslagsilo's, de pier en de schroeflossers. Alle drijvende units blijven na deze koop in volle eigendom van Cargill, nog altijd het moederbedrijf van IGMA. Voor dit bedrijfsonderdeel wordt een tijdelijk kantoorgebouw opgezet aan de Vlothavenweg.
Medio 2021 neemt OBA Bulk Terminal Amsterdam (OBA) de resterende onderdelen van IGMA over. OBA koopt alle activa, met inbegrip van alle (drijvende) laad- en losapparatuur zoals kranen, weegtorens, grijpers en mobiele transportsystemen. OBA wil minder afhankelijk worden van de overslag van steenkool en heeft de ambitie een belangrijke, multifunctionele terminaloperator voor stortgoederen te worden in de haven van Amsterdam. Met deze overname versterkt OBA de positie in de over- en opslag van landbouwproducten.
Gedurende het jaar 2023 wordt OBA omgedoopt naar HES Bulk Terminal Amsterdam. Deze terminal beschikt vanaf dan over een terrein van circa 60 hectare aan de Westhaven. HES wil de activiteiten van IGMA over een periode van enkele jaren naar de HES-terminal verhuizen waar ruimte vrijkomt door de verminderde aanvoer van steenkool. De gemeente Amsterdam wil de Vlothaven gaan gebruiken voor woningbouw.
In 2026 wordt het tijdelijke kantoorgebouw van IGMA aan de Vlothavenweg afgebroken. Vanaf dan worden alle op- en overslagactiviteiten uitgevoerd in de Westhaven, waar HES geinvesteerd heeft in een nieuwe opslagloods.
