SARS-CoV-2 Kappa-varianten

SARS-CoV-2 Kappa-varianten er en sublineær variant av SARS-CoV-2, viruset som forårsaker covid-19. Den er en av tre versjoner av Lineage B.1.617 som også kjent som Delta-varianten.

Beskrivelse

SARS-CoV-2 Kappa-varianten er også kjent som Lineage B.1.617.1 og ble først oppdaget i India i desember 2020. Mot slutten av mars 2021 stod Kappa-subvarianten for mer enn halve sekvensene som ble innrapportert fra India. Den 1. april 2021 ble den designert Variant Under Investigation (VUI-21APR-01) av Public Health England.

Mutasjoner

Kappa-varianten har tre betydningsfulle endringer i aminosyresekvensene, som alle gjelder virusets piggproteinkode. Disse er substitusjonene L452R, E484Q og P681R

E484Q. Denne mutasjonen i posisjon 484, en glutaminsyre-til-glutamin-substitusjon, gir B.1.617-varianten et sterkere bindingpotensial til hACE2 (den humane ACE2-reseptoren), og dessuten en større evne til å unngå immunsystemet det står overfor enn det andre varianter har.
L452R. Denne mutasjonen i posisjon 452, en leucin-til-arginin-substitusjon, gir en sterkere affinitet i piggproteinet for ACE2-reseptoren og immunsystemets evne til å oppdage viruset svekkes.
P681R. Denne mutasjonen i posisjon 681, en prolin-til-arginin-substitusjon, kan, ifølge William A. Haseltine, øke smittespredende evne på cellenivå (boost cell-level infectivity).

Disse mutasjonene er hver for seg ikke unike for varianten; det er at de er tilstede samtidig som er det unike.

European Centre for Disease Prevention and Control (ECDC) oppfører også en fjerde piggmutasjon av interesse:

D614G. Denne mutasjonen i posisjon 614 er slik at G (glycin) der har erstattet D (asparaginsyre). Varianter som har mutasjonen D614G knyttes til økt smitteevne.

Referanser

↑ «Tracking SARS-CoV-2 variants». www.who.int (på engelsk). 31. mai 2021. Besøkt 5. juni 2021.
↑ «Weekly epidemiological update on COVID-19 - 27. april 2021» (PDF). World Health Organization. 27. april 2021. Besøkt 6. juni 2021.
↑ Le Page, Michael (4. juni 2021). «Indian covid-19 variant (B.1.617)». New Scientist.
↑ SARS-CoV-2 variants of concern and variants under investigation in England - Technical briefing 10, London, Public Health England |date=7. mai 2021 (A variant first detected in India was designated under investigation on 1. april 2021 as VUI-21APR-01 (B.1.617.1).
↑ Nuki, Paul; Newey, Sarah (16. april 2021). «Arrival of India's 'double mutation' adds to variant woes, but threat posed remains unclear». The Telegraph (på engelsk). ISSN 0307-1235.
1 2 3 Starr, Tyler N.; Greaney, Allison J.; Dingens, Adam S.; Bloom, Jesse D. (April 2021). «Complete map of SARS-CoV-2 RBD mutations that escape the monoclonal antibody LY-CoV555 and its cocktail with LY-CoV016». Cell Reports Medicine: 100255. doi:10.1016/j.xcrm.2021.100255.
↑ Zhang, Wenjuan; Davis, Brian D.; Chen, Stephanie S.; Sincuir Martinez, Jorge M.; Plummer, Jasmine T.; Vail, Eric (6. april 2021). «Emergence of a Novel SARS-CoV-2 Variant in Southern California». JAMA. 325 (13): 1324. doi:10.1001/jama.2021.1612.
↑ Haseltine, William. «An Indian SARS-CoV-2 Variant Lands In California. More Danger Ahead?». Forbes (på engelsk). - «by facilitating cleavage of the S precursor protein to the active S1/S2 configuration»
↑ «SARS-CoV-2 variants of concern as of 3 June 2021». European Centre for Disease Prevention and Control. 3. juni 2021. Besøkt 8. juni 2021.
↑ Dr. Sanchari Sinha Dutta, Ph.D (15. mars 2021). «D614G Mutation in SARS-CoV-2 Spike Protein». News Medical.
↑ Korber, Bette; Fischer, Will M.; Gnanakaran, Sandrasegaram; Yoon, Hyejin; Theiler, James; Abfalterer, Werner; Hengartner, Nick; Giorgi, Elena E.; Bhattacharya, Tanmoy; Foley, Brian; Hastie, Kathryn M.; Parker, Matthew D.; Partridge, David G.; Evans, Cariad M.; Freeman, Timothy M.; de Silva, Thushan I.; McDanal, Charlene; Perez, Lautaro G.; Tang, Haili; Moon-Walker, Alex; Whelan, Sean P.; LaBranche, Celia C.; Saphire, Erica O.; Montefiori, David C. (20. august 2020). «Tracking Changes in SARS-CoV-2 Spike: Evidence that D614G Increases Infectivity of the COVID-19 Virus». Cell. 182 (4): 812-827. doi:10.1016/j.cell.2020.06.043.
↑ «SARS-CoV-2 Variant Classifications and Definitions». cdc.gov. 4. juni 2021. Besøkt 8. juni 2021. «These variants share one specific mutation called D614G... ...There is evidence that variants with this mutation spread more quickly than viruses without this mutation.»

Autoritetsdata

[WHO1-1] «Tracking SARS-CoV-2 variants». www.who.int (på engelsk). 31. mai 2021. Besøkt 5. juni 2021.

[WHO_27April-2] «Weekly epidemiological update on COVID-19 - 27. april 2021» (PDF). World Health Organization. 27. april 2021. Besøkt 6. juni 2021.

[3] Le Page, Michael (4. juni 2021). «Indian covid-19 variant (B.1.617)». New Scientist.

[4] SARS-CoV-2 variants of concern and variants under investigation in England - Technical briefing 10, London, Public Health England |date=7. mai 2021 (A variant first detected in India was designated under investigation on 1. april 2021 as VUI-21APR-01 (B.1.617.1).

[5] Nuki, Paul; Newey, Sarah (16. april 2021). «Arrival of India's 'double mutation' adds to variant woes, but threat posed remains unclear». The Telegraph (på engelsk). ISSN 0307-1235.

[SGDB-6] 1 2 3 Starr, Tyler N.; Greaney, Allison J.; Dingens, Adam S.; Bloom, Jesse D. (April 2021). «Complete map of SARS-CoV-2 RBD mutations that escape the monoclonal antibody LY-CoV555 and its cocktail with LY-CoV016». Cell Reports Medicine: 100255. doi:10.1016/j.xcrm.2021.100255.

[ZDCSPV-7] Zhang, Wenjuan; Davis, Brian D.; Chen, Stephanie S.; Sincuir Martinez, Jorge M.; Plummer, Jasmine T.; Vail, Eric (6. april 2021). «Emergence of a Novel SARS-CoV-2 Variant in Southern California». JAMA. 325 (13): 1324. doi:10.1001/jama.2021.1612.

[8] Haseltine, William. «An Indian SARS-CoV-2 Variant Lands In California. More Danger Ahead?». Forbes (på engelsk). - «by facilitating cleavage of the S precursor protein to the active S1/S2 configuration»

[9] «SARS-CoV-2 variants of concern as of 3 June 2021». European Centre for Disease Prevention and Control. 3. juni 2021. Besøkt 8. juni 2021.

[10] Dr. Sanchari Sinha Dutta, Ph.D (15. mars 2021). «D614G Mutation in SARS-CoV-2 Spike Protein». News Medical.

[11] Korber, Bette; Fischer, Will M.; Gnanakaran, Sandrasegaram; Yoon, Hyejin; Theiler, James; Abfalterer, Werner; Hengartner, Nick; Giorgi, Elena E.; Bhattacharya, Tanmoy; Foley, Brian; Hastie, Kathryn M.; Parker, Matthew D.; Partridge, David G.; Evans, Cariad M.; Freeman, Timothy M.; de Silva, Thushan I.; McDanal, Charlene; Perez, Lautaro G.; Tang, Haili; Moon-Walker, Alex; Whelan, Sean P.; LaBranche, Celia C.; Saphire, Erica O.; Montefiori, David C. (20. august 2020). «Tracking Changes in SARS-CoV-2 Spike: Evidence that D614G Increases Infectivity of the COVID-19 Virus». Cell. 182 (4): 812-827. doi:10.1016/j.cell.2020.06.043.

[12] «SARS-CoV-2 Variant Classifications and Definitions». cdc.gov. 4. juni 2021. Besøkt 8. juni 2021. «These variants share one specific mutation called D614G... ...There is evidence that variants with this mutation spread more quickly than viruses without this mutation.»