Heterodoksi (av gresk hetero – «annerledes», og doksa – «mening») betyr annerledestenkende, og er det motsatte av ortodoksi. Innen religion, som kristendom, refererer «heterodoksi» til avvik fra den offisielle kirkelære (ortodoksi).
Innen Den ortodokse kirke brukes begrepet hovedsakelig for å referere til kristne kirker og kirkesamfunn som ikke tilhører de østortodokse kirker, og som forfekter doktriner som ikke tilhører Tradisjonen.
Heterodoksi innen den romersk-katolske kirke refererer til synspunkter som avviker fra strengt ortodokse synspunkter, men som beholder tilstrekkelig trofasthet til doktrinen at den unngår betegnelsen «kjetteri». Mange katolikker bekjenner visse heterodokse synspunkter, enten i doktrinelle eller sosiale saker.
I slutten av 1999 ble en lov forfattet i Kina for å forby «heterodokse religioner». Dette ble brukt retroaktivt om Falun Gong, en spirituell praksis introdusert til offentligheten i Kina av Li Hongzhi (李洪志) i 1992.
Heterodoks økonomi refererer innen økonomien til skoler innen økonomisk tenkning som anses å ligge utenfor den «ortodokse» økonomiske tankegang, særlig i kontrast til nyklassisk økonomi. Heterdokse økonomier kan referere til en rekke separate, uortodokse økonomiske tilnærminger eller skoler som institusjonell-, post-keynesiansk, sosialistisk, marxistisk, feministisk, georgistisk, østerriksk, økologisk, og sosial økonomi.