Karriere
I 1897 ble han professor i nytestamentlig teologi ved Kristiania universitet. Brun gjorde seg kjent som en talentfull representant for fpr den såkalte liberale teologi og bidro til å gi den hjemstadsrett i Norge.
Han var den ledende blant de liberale og kulturåpne professorer ved Det teologiske fakultet, og stod sentralt under de teologiske konflikter som preget Statskirken i et par tiår etter «professorstriden» 1904–06 utløst av at devar blitt ledig et professorat i systematisk teologi på Det teologiske fakultet. Fakultetets flertall under Bruns ledelse valgte å legge vekt på den vitenskapelige frihet og kompetanse ved ansettelse av en ny professor i systematisk teologi, Johannes Ording. I tiden som fulgte, ble Brun av mange konservative kirkelige grupper oppfattet som en hovedmotstander.
I 1913 ble han ordførende i Den Norske Presteforenings fremskrittsgruppe og var også medlem av flere kommisjoner for utredning av kirkelige spørsmål. Han var aktiv bidragsyter til Norsk Teologisk Tidsskrift, som han var medredaktør for 1900–39.
Johan Lyder Brun hadde som professor en rekke studieopphold i Skottland, England, Nederland, Tyskland, Italia, Hellas, Tyrkia, Palestina og Syria, og var flere ganger foreleser ved andre universiteter og akademier i Norden, Skottland og Tyskland. Han var dekanus ved Det teologiske fakultet 1905–09, 1911, 1917–19 og 1938–40. Han lot seg ordinere til prest i 1924.
Av hans store vitenskapelige og populærvitenskapelige forfatterskap kan fremheves Paulus lære om loven (1897), Fra Jesu liv og fra aposteltiden (1903), Jesu evangelium (1916, nytt opplag i 1926, Bruns mest betydelige skrift), Paulus' kristelige tanker (1919, andre utgave 1929) og Modern teologi (1924).
