Erkebiskop av Olomouc
Pave Pius XII utnevnte i 1948 Matocha til erkebiskop av Olomouc; han ble bispeviet den 2. mai 1948 av Prahas erkebiskop Josef Beran; medkonsekrerende var biskop Jozef Čársky, apostolisk administrator av Kosice og av Satu Mare, og biskop Stanislav Zela, hjelpebiskop i Olomouc.
Dette var i en tid da relasjonene mellom er om stat og kirke ble graverende forverret. Det ble lagt begrensninger på og og sådd splid i innen katolske foreninger og organisasjoner, og pressefriheten forsvant. Undertrykkelsen av kirkens folk og av religion i sin alminnelighet ble intensivert.
Den 14. august 1949 foretok erkebiskop Matocha i katedralen i Trnava en av staten ikke autorisert bispevielse av to nye biskoper, msgr Ambróz Lazik og msgr Robert Pobožný.
Sitt embede som erkebiskop kunne ikke Josef Karel Matocha utøve særlig lenge. I september 1949 ble han arrestert. Fra 1950 ble han internert av det kommunistiske regime, og etterpå holdt fanget og isolert i sin residens. Han fikk for eksempel verken lese aviser eller lytte til radio.
Etter Matochas død forhindret de kommunistiske myndigheter utnevnelse av en etterfølger. Først fra og med 1973 ble bispedømmet administrativt forvaltet av biskop Josef Vrana, som hadde regimets gunst.
