Han har gitt ut flere essaysamlinger, og debuterte skjønnlitterært med romanen «Heartland» i 2001, som er en allegori om USA. Året etter kom den frittstående oppfølgeren «Badlands», og tredje bind i Heartland-trilogien, Mainland kom i 2004. Året før gav han ut Laura. Den frittstående oppfølgeren kom i 2005 med Johannes -en lidenskaps historie. I 2006 kom to verker fra Claussens hånd: Tredje landevei og Livet i Venedig. Hans bøker har fått gode kritikker.
Morten Claussens språk kjennetegnes av lange, rytmiske setninger som går over hele avsnitt. Stream of counsciousness er en teknikk han benytter og språket veksler mellom det indre og ytre landskap.