Nextstrain er et samarbeid mellom forskere i Seattle i USA og i Basel i Sveits som stiller til rådighet en samling av open-source-verktøy for visualisering av genetikken bak spredningen av virusutbrudd.
Målsettingen er å støtte opp om offentlige helsetiltak og -overvåking ved å styrke forståelsen av spredning og utvikling av patogener. Nextstrain-plattformen ble lansert i 2015. Koding utviklet av Nextstrain fjørst alment tilgjengelig via for eksempel github.com og data er tilgjengelig of synliggjort på brukervennlig måte på nettsiden.
Nextstrain-teamet tar sikte på å være oppdatert medgenomanalyser av de følgendepatogener: