Pietro Boetto var sønn av Antonio og Caterina (født Anghilano) Boetto. Han hadde én bror og tre søstre, og ble konfirmert av biskop Filippo Chiesa av Pinerolo i 1883. Boetto gikk på bispedømmets presteseminar i Giaveno fra 1884 til 1888, og inntrådte så i jesuittordenen den 1. februar 1888. Han studerte så ved ordenens novisiat i Chieri.
Prest
Han ble ordinert til prest av biskop Emiliano Manacorda den 30. juli 1901. Etter fullførte teologistudier i 1902 ble han professor og rektor ved Genovas Istituto Arecco frem til 1904. Han var rektor ved kollegiet Sto. Tommaso i Cuneo fra 1905 til 1907. Fra 1907 til 1916 var han prokurator for jesuittresidensen i Torino. Boetto var provinsial for jesuittenes ordensprovins Torino før han reiste til Spania som visitator av jesuittenes provinser i Aragón (1919–1920) og deretter i Castilla (1920–1921). Han var også ordenens generalprokurator (1921–1928), provinsial for den romerske ordensprovins (1928–1930), og assistent for Italia (1930–1935).
Kardinal
Han ble kreert til kardinal den 16. desember 1935 av pave Pius XI, som prest – men ble erkebiskop tre år etter. Han fikk tildelt som sin titulus kirken Sant'Angelo in Pescheria.
Erkebiskop
Boetto ble utnevnt til erkebiskop av Genova den 18. mars 1938. Han ble bispeviet 24. april 1938 i kirken Sant'Ignazio i Roma av kardinal Gennaro Pignatelli di Belmonte, med erkebiskopene Giuseppe Migone og Giovanni Vallega som medkonsekrerende. Ved utnevnelsen av den som antifascistisk gjeldende Boetto var det også meningen å styrke hans moralske autoritet. Kort etter hans utnevnelse besøkte nemlig Adolf Hitler for første gang Italia, og da nettopp Genova. Der skulle Hitler og Mussolini møtes for å styrke de tysk-italienske forbindelser. Dette var også første gang Mussolini som statsleder besøkte Genova.
Kardinal Boetto ankom Genova 3. mai 1938 for formelt å bli innført i sitt kirkelige embede, og kom til en jernbanestasjon som var dekorert med fascistiske og nazistiske flagg på grunn av besøkene av Mussolini og Hitler. Det var under dette Italia-besøket at også pave Pius XI fant en tydelig måte å markere avstandtagen - før Hitler ankom Roma hadde paven reist derfra og til den pavelige enklave i Castelgandolfo for slik å gjøre noen audiens umulig; han stengte også Peterskirken og Vatikanmuseene for å avverge besøk.
Kardinal Boetto, 1939
Han deltok ved konklavet 1939 som den 2. mars valgte kardinal Eugenio Pacelli, som valgte seg navnet Pius XII. Under andre verdenskrig var han en fast forsvarer av Genova og dens borgere. Han protesterte mot britiske krigsskips bombardement av byen, og sa at Gud ville sikre Italia triumf. Den 8. desember 1945 æret Genova ham med æresborgeskap etter at han hadde oppfordret alle aksemaktenes styrker nær byen om å kapitulere.
I den siste fase av krigen, da tyskerne hadde grepet den reelle makt i Italia og da mer uhemmet kunne lete etter og deportere jøder, bevarte kardinal Boetto mange fra denne skjebne med sin innsats koordinert av hans sekretær Francesco Repetto, mobilisering av kirkefolk og lege katolikker, og samarbeide med DELASEM, og også ned den svenske Genova-konsul Elow Kihlgren.
Boetto døde av hjerteinfarkt i sin erkebiskoppelige residens den 31. januar 1946, i en alder av 74 år. Rekviemmessen ble celebrert fem dager etter, den 4. februar 1946, av biskop Pasquale Righetti i San Lorenzo-katedralen; biskop Giuseppe Siri stod for gravtalen. Boetto ble begravd i domkirkens krypt.
