Separasjonssonen (hebraisk מרחב התפר, engelsk Seam Zone) er et begrep benyttet om de landområder på Vestbredden som ligger øst for Den grønne linjen og vest for sperringen av mur eller gjerder til Israel. Den er bosatt hovedsakelig av israelere i bosetninger (settlements) som Alfei Menashe, Beit Arye, Modi'in Illit, Giv'at Ze'ev, Ma'ale Adumim, Beitar Illit og Efrat.
I 2006 ble det estimert at omkring 57 000 palestinere bodde i landsbyer i enklaverr i separasjonssonen, adskilt av muren fra resten av Vestbredden. De Forente Nasjoner estimerer at om rekken av murer, gjerder og piggtråd og grøfter blir fullført langs den planlagte ruten, vil omkring en tredjedel av palestinerene på Vestbredden ble berørt —274 000 vil da bo i enklaver i separasjonssonen og omkring 400 000 får ikke lenger tilgang til skoler, jobb og sykehus. Høyesterett i Israel har gitt ordre om endringer av den planlagte ruten, for å redusere antallet mennesker som flytter eller blir rammet av separasjonssonen. Ifølge dommen i retten var dette antallet da dommen falt på 35 000.
I juli 2006 varslet B'Tselem at 8,5 prosent av Vestbredden (inkludert Øst-Jerusalem) kom til å ligge i separasjonssonen. Dette området inneholdt 99 israelske bosetninger (inkludert tolv i Øst-Jerusalem) i flere tett befolkede områder nær den grønne linje, områder som ifølge Geneve-avtalen var foreslått skulle overførst til Israel som en del av et felles landbytte med palestinerene. Separasjonssonen var hjem for 381 000 israelske bosettere (192 000 i Øst-Jerusalem).