Bartne wzmiankowane jest już w 1629. Według miejscowych przekazów, wieś została założona przez kamieniarzy z pobliskiej Jasionki, którzy na zboczach pobliskich gór pozyskiwali materiał.
Nazwa wsi (Bartne/Bortne) pochodzi od bartnictwa, czyli dawnej formy pszczelarstwa. Istnieje też etymologia ludowa, wywodząca nazwę od połączenia słów "bór tnę".
Z Bartnego/Bortnego pochodził Stefan Szkurat, który przyjął później bardziej szlachecko brzmiące nazwisko "Bortniański" – był to ojciec kompozytora Dmytra Bortniańskiego.
W XIX wieku wieś rozsławiły warsztaty kamieniarskie – pochodzące stąd krzyże przydrożne oraz nagrobki spotkać można w odległych miejscowościach. Dzięki specjalnemu rodzajowi twardego piaskowca, łamanego w masywie Magurycza, Bartne stało się znanym ośrodkiem produkcji kamieni młyńskich i kamieni do domowych żaren. Kamienny kamień młyński z datą 1905 znajduje się w Bydgoszczy.
W latach 1870–1892 we wsi pełnił posługę kapłańską łemkowski ksiądz i pisarz Wołodymyr Chylak, który stworzył tu swoje najważniejsze utwory, m.in. nowelę Szybienicznyj Wierch.
Po II wojnie światowej w 1947 r. w ramach akcji "Wisła" cała wioska została wysiedlona pod przymusem władz. Część osób wysiedlono na ziemie zachodnie Polski, pozostałe osoby na północ Polski. W drodze na zachód, część osób wysadzono w obozie w Jaworznie, który warunkami nie różnił się dużo od obozów ZSRR. Pod koniec lat 50 XX w. do Bartnego powróciła część rodzin, których potomkowie zamieszkują wioskę do dziś.
W latach 1975–1998 miejscowość administracyjnie należała do województwa nowosądeckiego.
Cerkiew greckokatolicka pod wezwaniem św. Kosmy i św. Damiana – wybudowana około 1842 roku, trójdzielna, konstrukcji zrębowej, pokryta gontem z XVIII-wieczną wieżą konstrukcji słupowo-ramowej, zwieńczona kopulastym hełmem i pozorną latarnią, otoczona drewnianym ogrodzeniem. Obecnie wewnątrz mieści się filia Muzeum Dwory Karwacjanów i Gładyszów w Gorlicach, w której eksponowane są elementy sakralnej sztuki łemkowskiej, m.in. kompletny ikonostas z XVIII w., ołtarz boczny z 1797 roku, XVIII-wieczne ikony: Matka Boża z Dzieciątkiem i Chrystus oraz obrazy pochodzące z cerkwi okolicznych wsi. Jest to jedna z cenniejszych cerkwi w tej części Beskidu Niskego. Klucze do obiektu udostępnia właściciel domu nr 25.