Na początku Clarie dołączyła do Millwall Lionesses jako 14-latka. Podczas kariery w tym klubie doznała zerwania więzadła przedniego. Następnie podpisała kontrakt z Chelsea i grała tam aż 11 lat. W tym zespole zagrała ponad 100 spotkań oraz strzeliła 12 bramek na pozycji lewego pomocnika. W sierpniu 2011 ponownie zerwała więzadło przednie. W czerwcu 2018 roku przeniosła się do West Ham i tam spędziła swój ostatni sezon w karierze. Po ostatnim meczu w karierze Clarie Rafferty okrążała boisko z gwizdkiem w ustach.
Kariera reprezentacyjna
W reprezentacji Anglii U19 wystąpiła po raz pierwszy jako piętnastolatka. Pierwszy cały mecz w seniorskiej reprezentacji rozegrała przeciwko Austrii. Została powołana na Mistrzostwa Świata w Piłce Nożnej Kobiet 2011 oraz na tę samą imprezę w roku 2015.